За два года работы Пирогова в клиниках и лабораториях Берлина и Геттингена он, углубил свои знания в анатомии, усовершенствовал свою хирургическую технику и расширил объем своих научных исследований в области применения анатомии к хирургии.
Все время своего пребывания в Германии Пирогов отдавал исключительно научным занятиям. Ни в каких студенческих организациях он не участвовал — ни в спортивно-товарищеских типа дерптских землячеств, ни в политических, имевших тогда значительное распространение в Германии в связи с западноевропейским буржуазно-революционным движением, хотя, судя по его записям, он прекрасно понимал всю иллюзорность относительной политической свободы, которой пользовалась в ту пору Германия и которая по сравнению с николаевскими порядками многим из русских казалась политическим раем.
В начале 1835 года русские стипендиаты в Берлине получили из министерства запрос о том, в каком университете каждый из них хотел бы замять профессорскую кафедру. Запрос, собственно, был лишний, так как при отправлении кандидатов в Дерпт каждый из них предназначался в профессора того университета, воспитанником и избранником которого он был. Пирогов ответил, что желает занять свободную кафедру хирургии в Москве. Уверенный в успехе своего дела Николай Иванович поспешил сообщить матери, что, наконец-то, он сумеет отплатить ей и сестрам за их заботы о нем, сумеет устроить их материальную жизнь. Но Пирогова ждало на родине жестокое разочарование.
Стремясь лишить русские университеты даже той ничтожной самостоятельности, которой они пользовались при министре Ливане, Уваров представил царю доклад, в котором просил в виду ожидаемого возвращения из-за границы молодых профессоров предоставить ему право назначить их на свободные кафедры по своему усмотрению. Хотя, как признавал министр, «университеты имеют право сами избирать на вакантные кафедры ученых, — но в настоящем случае допустить их воспользоваться сим правом было бы чрезвычайно неудобно».
Николая Павловича не надо было долго убеждать нарушить чьи-либо права. Царь одобрил проект Уварова, и министр назначил на московскую кафедру Ф. И. Иноземцева. На этом настаивал попечитель Московского университета граф С. Г. Строганов, которого просили за Иноземцева высокие покровители красивого и представительного доктора.
