Медицина в Германии начала XIX века стояла на распутья. Хирургия как наука стала развиваться в некоторых западноевропейских странах только в середине XVIII столетия и вместе с тем стала участвовать в успехах других отраслей медицины. Основной причиной ее отставания было представление о том, что для занятия хирургией совершенно не нужно знания анатомии; такие воззрения привели к полнейшему отрыву практической медицины от естественных наук.
До объединения с анатомией хирургия отличалась грубым эмпиризмом. На путь единения, хирургии с общей медициной первой вступила Франция, где в середине XVIII столетия парижская хирургическая школа благодаря трудам Ф. Пейрони (1678–1747) была уравнена в правах с медицинским факультетом и где Ж. Пти (1674–1750) проповедывал необходимость тщательной научно-анатомической подготовки хирургов. Вслед за французами стали развивать хирургию как науку англичане, выдвинувшие многих блестящих анатомов-хирургов, а также исследователей вроде гениального Джона Гунтера (1728–1793), связавшего хирургию и анатомию с физиологией. Германия позднее всех западноевропейских стран освободилась от вредного наследия средних веков, когда медициной занималось духовенство, ограничившее свою деятельность лекарствами и заклинаниями и предоставившее хирургию цирюльникам. Научно-образованные медики-немцы дольше всех уклонялись от занятия хирургией.
Ко времени прибытия Пирогова в Германию в немецкой медицине наметился коренной перелом. «Время моего пребывания в Берлине, — пишет Пирогов, — было именно временем перехода германской медицины — и перехода весьма быстрого — к реализму; (началось торжественное вступление ее в разряд точных наук».
Но Пирогой все-таки застал еще германскую практическую медицину «почти совершенно изолированной от главных реальных ее основ: анатомии и физиологии; о профессорах терапии, о клиницистах по внутренним болезням, — я говорить нечего».
В Берлине Пирогов учился у Фр. Шлемма (1795–1858) анатомии и оперативной хирургии на трупах, у И. Руста (1775–1840) он слушал клинические лекции по хирургии, у К. Грефе (1787–1840) практиковал в хирургической и глазной клиниках, занимался оперативной хирургией в клинике И. Диффенбаха (1792–1847)., Слушал он также величайшего биолога и физиолога, сына коблеяцского сапожника, Иоганна Мюллера (1801–1858), читавшего в Берлине с 1833 года курс анатомия.
Берлинская хирургическая клиника Руста считалась тогда самой образцовой в Германии. «Руст был, — говорит Пирогов, — в известном смысле наиболее реалист между врачами тогдашнего времени. Он хотел основать свою диагностику исключительно на одних объективных признаках болезни», почти совершенно игнорируя субъективные высказывания, больного, потому что «расспросы и рассказы больного, особливо необразованного, нередко служат вместо раскрытия истины к ее затемнению». Но даже такой передовой клиницист, как Руст, не знал и даже не хотел знать анатомии. Однажды ом сказал на лекции об одной известной операции: «Я забыл, как там называются эти две кости стопы: одна выпуклая, как кулак, а другая вогнутая в суставе; так вот от этих двух костей и отнимается передняя часть стопы».
