Докторская диссертация Пирогова, по заявлению профессора хирургии Л. Л. Левшина (в 1897 году), может «служить прекрасным примером того, как следует приступать к решению вопросов практической медицины». В первом своем научном труде Пирогов «высказал принцип, что при решении различных вопросов практической медицины нельзя ограничиться одними лишь клиническими наблюдениями, но что в этом деле необходимы опыты над животными; предмет диссертации — лечение аневризм подвздошных артерий донельзя удачно выбран с целью показать, что путь для разработки ключевого вопроса не может быть иной, как экспериментальный». По новизне метода работа Пирогова обратила на себя внимание за границей и была переведена с латинского, на котором написала автором, на немецкий язык и напечатана в знаменитом тогда хирургическом журнале Грефе и Вальтера.
Таким образом, ко времени поездки за границу для завершения своей подготовки к профессуре Николай Иванович мог уже самостоятельно заниматься научными исследованиями. Серьезное изучение в Дерпте анатомии и хирургии в течение пяти лет выработало из него специалиста, основательно знающего свой предмет. Весьма важный для хирурга и очень трудный отдел анатомии — учение о фасциях (оболочки, покрывающие мышцы) — он изучил так основательно, что едва ли кто-нибудь, по словам доктора Малиса, мог быть опытнее его в этом отношении. И до Пирогова прибегали к опытам над животными для решения различных хирургических вопросов, ей же потребовал орава гражданства для экспериментальной хирургии, науки, всю важность которой для клиники недостаточно уяснили себе еще много десятилетий спустя. Такое рациональное направление, выработанное Пироговым вполне самостоятельно, было совершенно новым и ставило его головою выше современных ему хирургов.
Самой важной стороной дерптской деятельности Пирогова является именно то, что он одни из первых в Европе стал в широких размерах систематически экспериментировать, стремясь решать вопросы клинической хирургии опытами над животными.
Когда профессорских кандидатов посылали в 1828 году в Дерпт, правительство рассчитывало, что они пробудут там два-три года, а затем отправятся в равные европейские университеты, в том числе во французские и английские, для усовершенствования. Но в июле 1830 года в Париже возникло революционное движение, послужившее сигналом к целому ряду восстаний в Западной Европе — в Бельгии, в Италии, в немецких государствах, наконец в Швейцарии. Подавивший незадолго до того восстание декабристов, русский царь, для преграждения путей революционной заразы в пределы вверенной ему проведением державы, решил помочь французскому королю и примерно наказать мятежников. Ближе всех к месту пожара была Польша, и Николай I повелел мобилизовать свою польскую армию.
