Так как пришлось выбирать предмет занятий, то Николай Иванович назвал физиологию, но ввиду возражений Мухина он выбрал хирургию. Размышляя в старости по поводу этого выбора, Николай Иванович писал, что хотя хирургия была для него «наукой неприглядной и вовсе непонятной», но он считает, что «какой-то внутренний голос подсказал» ему это решение: «кроме анатомии есть еще жизнь и, выбрав хирургию, будешь иметь место не с одним трупом».
Лекарский экзамен Пирогов сдал очень легко 24 мая 1828 года. и через два дня выехал вместе с другими профессорскими кандидатами в Петербург. Здесь кандидаты подверглись дополнительному испытанию при Академии наук в присутствии целого синклита тогдашних знаменитостей. Экзамен был строгий. «На каждого приходилось около двух часов, — писал тогда же Николай Иванович. — Долго пытали меня, но я потел и выдерживал эту пытку; наконец, кончилось, услыхал optime (превосходно) и измученный едва дотащился до квартиры. Через несколько времени нас позвали к министру, и он дал нам довольно скудное наставление, повторял печальную истину быть добрым, честным и т. п., и, сказавши: «помните, что отечество смотрит на вас любопытным взором, и помните и оправдайте доверенность, на вас возлагаемую императором», — отпустил нас с миром».
В годы студенчества Николай Иванович пережил первую, юношескую влюбленность. «Предмет моей платонической любви, — пишет он — была стройная блондинка с тонкими чертами, чрезвычайно мелодическим и звучным голосом и голубыми улыбающимися глазами. Эти глаза и этот голос, сколько я помню, и пленили мое сердце. Чем же обнаружилась моя первая любовь? Во-первых, тем, что во всякое свободное время я летал, хотя и пешком, из Кудрина к Илье-пророку на Басманную. Во-вторых, не упускал при этом ни одного удобного случая, чтобы не завить волосы барашками. В-третьих, я не упускал также ни одного случая, чтобы не поцеловать тонкую, нежную руку, как, например, играл с нею в мельники, в фанты и подавая ей что-нибудь со стола; и однажды, — о блаженство! — когда я хотел поцеловать ее руку, подававшую мне бутерброд, она загнула ее назад и поцеловала меня в щеку, возле самых губ».
Это была Наталия Семеновна Лукутина, дочь крупного московского фабриканта, креста ого отца Пирогова. Была она двумя годами старше Николая Ивановича и до конца жизни сохраняла исписанные Пироговым листки с немудреными загадками и плохенькими стихами. Николаю Ивановичу сильно нравилось пение Наталии Лукутиной; особенный восторг вызывал у него французский романс, слова которого льстили ему и вызывали слезы восторга: «Вы идете к славе, мое сердце печально следует за вами; ступайте в храм бессмертия, но не забывайте меня».
