Попечитель Казанского университета М. Л. Магницкий, занимавший одновременно должность члена главного правления училищ и большей частью проживавший в Петербурге, чтобы иметь влияние на ход всего дела просвещения, так сформулировал задачи профессоров в помещичьем государстве: «Благоразумное преподавание политического права» должно показать, что «правление монархическое установлено самим богом, и законодательство, в сем порядке установляемое, есть выражение воли вышнего». «Профессор теоретической и опытной физики» обязан был «во все продолжение курса своего» указывать «на премудрость божию и ограниченность наших чувств и орудий для познания непрестанно окружающих нас чудес». «Профессор истории российской» должен был доказать, что «отечество наше в истинном просвещении упредило многие современные государства», и доказать «сие распоряжениями по части учебной и духовной Владимира Мономаха», Этому профессору вменялось также в обязанность «распространяться о славе, которой отечество наше обязано дому Романовых, о добродетелях и патриотизме его родоначальникам.
Конечно, профессор философии должен был «без всякой пощады отвергать» как «заблуждение и ложь все то, что несогласно с разумом священного писания». От профессора математики требовались доказательства того, что нединица есть символ единого бога», а «гипотенуза в прямоугольном треугольнике есть символ сретения правды и мира, правосудия и любви, чрез ходатая бога и человеков, соединившего горнее с дольным, небесное с земным». Геологию Предполагалось упразднить, так как наука о строении земли в «системах вулканистов и нептунистов противна священному писанию».
Естественно, что при таких общих заданиях университетской науке профессора медицинского факультета должны были «принять все возможные меры, дабы отвратить то ослепление, которому многие из знатнейших медиков подвергались от удивления превосходству органов и законов животного тела нашего, впадая в гибельный материализм». Во избежание этого профессор анатомии должен был «находить в строении человеческого тела премудрость творца, создавшего человека по образу и подобию своему». В анатомической аудитории Московского университета Пирогов застал выведанную у самого потолка, вдоль всей стены, надпись огромными золотыми буквами: «Руне твоя создаста мя и сотвориста мя, вразуми мя и научи мя заповедей твоим».
От цензуры требовалось, чтобы она рассматривала медицинские учебники в отношении нравственном, ибо, по мудрому рассуждению начальства, «когда науки математические и даже география несут часто на себе отпечаток неверия, могут ли не подлежать строжайшему надзору творения медицинские, в коих рассуждения о действиях души на органы телесные и о возбуждении в теле различных страстей подают обильные способы к утверждению материализма самым косвенным и тонким образом».
