В следующем году Петере и Хейнес вновь приезжают в Ниппур. Отношения с местным населением наладились, но сказалось отсутствие археолога-профессионала. Бессистемность поисков, погоня за сенсационными находками, которые могли бы поразить воображение жителей Нового Света, не могли не повлиять на результаты исследований. И все же их следует признать отличными. При обследовании зиккурата выяснилось, что он строился при царе Ур-Намму. Выкопанный рабочими туннель привел к слоям раннединастического периода. Во время раскопок на холме № 10 были обнаружены руины храма эпохи третьей династии Ура, а среди них – 2000 табличек. Вместе с 5000 табличек, найденных в «холме табличек», это составило огромную коллекцию. Позднейшие исследования привели ученых к выводу, что холм № 5 («холм табличек») представляет собой остатки древнего квартала, где находились библиотека, канцелярии и конторы писцов.
В 1893 г. Хейнес организовал новую экспедицию. Он прибыл в Месопотамию в сопровождении одного только Джозефа Мейера. Хейнес собирался надолго остаться в Ниппуре, чтобы довести до конца работы, начатые в предыдущие годы. Первым несчастьем, обрушившимся на него, были болезнь и смерть единственного помощника – Мейера. Однако это не сломило фотографа из Филадельфии, он не отказался от своих планов. Вызывает изумление сила духа этого человека, который без помощника, в полном одиночестве, невзирая на опасность, жару, усталость и болезни, упорно продолжает работы. Он продержался в пустыне три года и за это время тщательно обследовал два холма, добрался до более глубоких слоев зиккурата и собрал более 8000 табличек.
В 1899-1900 гг., когда группу ученых из США возглавил Гильпрехт, рядом с ним работал неутомимый Хейнес. Раскопки велись очень тщательно и планомерно. Ученым удалось восстановить план города, определить расположение храмов и жилых кварталов. Копая на большой глубине, они добрались до фундамента зиккурата, сложенного в очень отдаленную эпоху. В Ниппуре была открыта уже известная по другим раскопкам применявшаяся шумерами система дренажа почвы с помощью глиняных труб диаметром от 40 до 60 см, найдены могилы, в которых были захоронены останки людей после их частичного сожжения. Огромное значение имело открытие храмовой библиотеки, которая дала ученым около 20 000 табличек.
После этого в Ниппуре надолго воцарилась тишина. Почти полвека никто – за исключением непрошеных «гостей», искавших в руинах ценные, пользующиеся спросом на антикварном рынке предметы, – не нарушал покоя священного города. Археологические работы возобновились только в 1948 г., когда американская экспедиция (в ее состав входили такие исследователи, как Дональд Маккоун, Карлтон Кун и Торкильд Якобсен) добралась в юго-восточной части зиккурата до храма эпохи третьей династии Ура, над которым строили свои святилища сначала вавилоняне, а затем ассирийцы. Углубив раскоп, ученые открыли еще более древний фундамент. Здесь же были найдены таблички с записью молитвенных гимнов (в частности, гимн в честь богини Нан-ше), судебных протоколов, а также хозяйственных расчетов. Во время сезона 1961 г. американцы нашли «клад» – более 50 фигурок, сложенных под полом храма. Эта находка, как и обнаруженные в Телль-Асмаре (Эшнунне) и Хафадже статуэтки, говорит о религиозных обычаях шумеров первой половины III тысячелетия до н. э.
