В 1834 году Мельников поступил на словесный факультет Казанского университета. Мельников был студентом в ту пору, когда над университетами тяготел строжайший жандармский надзор, когда самые дикие расправы над студентами, заподозренными в склонности к вольнодумству, были будничным явлением. Но как ни старались подручные Николая I, искоренить ненавистное им университетское вольнодумство они так и не смогли. Как раз в последекабрьские годы из студенческой среды вышла целая когорта деятелей русского освободительного движения и передовой русской культуры во главе с Белинским и Герценом.
Казанский университет в то время переживал своеобразную полосу своей истории. Ректором тогда был великий математик Н. И. Лобачевский. Не жалея сил, стремился он укрепить научный авторитет университета. Но во всей университетской жизни еще давали себя знать отголоски той поры, когда попечителем Казанского учебного округа был мракобес, доносчик и казнокрад Магницкий. На словесном и юридическом факультетах подвизались еще профессора, которых Магницкий набирал, обращая внимание не столько на их познания в той или иной научной области, сколько на то, тверд ли в православии претендент на должность. Преемник Магницкого на попечительском посту Мусин-Пушкин не отличался мракобесной ретивостью своего предшественника, но и он, исполнительный вельможа николаевского царствования, предпочитал иметь дело не с подлинными учеными, а с послушными чиновниками от науки.
С благоговением готовился Мельников переступить университетский порог. Однако в первый же день занятий его постигло глубокое разочарование: профессор читал свою лекцию «по Кошанскому» — тому самому, который был уже известен по гимназическому зубрению. Многих первокурсников такое открытие надолго, если не на все время университетского учения, сбивало с толку: они убеждали себя, что заниматься нет никакой надобности, добывали у старшекурсников многолетней давности записи лекций и по ним благополучно сдавали экзамены. Мельников не поддался этому соблазну; только образование могло дать ему какое-то место в жизни: ни сильных связей, ни обширных поместий у его семьи не было. Но, разумеется, его усердные занятия науками стимулировались не только этими прозаическими соображениями.
С детства приобретенная страсть к чтению еще в гимназии помогала ему хоть немного отдыхать от зубрежки и приучала к самодеятельности. Читал он преимущественно книги по истории. К счастью, в университете нашлись преподаватели, лекции которых поддержали и оживили интерес Мельникова к исторической науке.
