В жалованной грамоте Ростислава перечислены статьи княжеских доходов с разных городов всего Смоленского княжества, десятая часть которых (десятина) передавалась церкви. В 36 пунктах собралось различных поборов на 4 тысячи гривен, туда вошли и виры, и продажи, и полюдье, а также торговые пошлины, мыт (таможенные сборы), гостевые и т. д. Кроме того, епископ получал земельные владения с феодально зависимым населением (изгои, бортники и др.) и доходы с церковных судов по особым видам преступлений.
Вскоре параллельно с княжескими усобицами на Руси начинается и церковная смута. В 1145 г. глава русской церкви митрополит Михаил, грек по национальности, внезапно убежал в Царьград. Что послужило причиной его отъезда – неизвестно. Но перед отбытием митрополит наложил интердикт на службы в храме Святой Софии. По-видимому, митрополит имел какой-то конфликт с великим князем киевским Всеволодом Ольговичем, что и отразилось в столь необычном и жестком поступке. При этом нельзя исключить, что Михаил решил поучаствовать в борьбе за патриарший престол в Константинополе.
В 1146 г. Киев занимает новый претендент на великое княжение – Изяслав Мстиславич. А митрополита в столице нет. Чтобы навести порядок в делах церковных, князь Изяслав в июле 1147 г. созвал Собор русских епископов в Киеве. Среди тех, кто прибыл на Собор, был и епископ Смоленский Мануил. Изяслав Мстиславич, желая иметь на Киевской кафедре своего ставленника, независимого от Константинополя, предложил епископам для избрания кандидатуру Климента Смолятича – ученого монаха Зарубского монастыря, расположенного в 80 км к югу от Киева.
Этот выдающийся деятель истории Русской Церкви был связан по своему происхождению и начальному образованию со Смоленском. Климент Смолятич являлся одним из образованнейших людей своего времени, великолепным проповедником и замечательным церковным писателем. Большинство епископов одобрило выдвинутую кандидатуру и проголосовало за избрание главой Русской Церкви Климента Смолятича.
Однако часть епископов не согласилась с решением своих собратьев и активно выступила против. Ими были Косьма Полоцкий, Нифонт Новгородский и Мануил Смоленский. Грек по национальности, Мануил не мог допустить избрания митрополита, независимого от константинопольского патриарха. Оставшись в меньшинстве, опасаясь преследований со стороны Изяслава и Климента, Мануил вскоре бежал из Киева. Как сообщает Ипатьевская летопись, «…и Мануил Смоленский епископ, иже бе бегал перед Климом». По-видимому, и сам князь Смоленский Ростислав Мстиславич был недоволен избранием Климента, что нашло некоторое отражение в письме Климента Смолятича смоленскому пресвитеру Фоме.
