Через пять месяцев Серафим смог уже вернуться к своей прежней жизни.
Вскоре разбойников, совершивших это ужасное злодейство, поймали, однако Серафим запретил накладывать на них какое-либо наказание, и по его мольбе их простили.
Около 1806 г. Серафим возложил на себя подвиг молчальничества. Он совершенно перестал выходить к посетителям, а если встречал кого-то в лесу то падал ниц на землю и до тех пор не поднимал глаз, пока встретившийся не проходил мимо. В таком безмолвии он прожил около трех лет. В 1810 г., недуги не позволили ему больше вести прежнюю отшельническую жизнь, Серафим вновь переселился в Саровскую обитель, но жил и здесь совершенно уединенно в полном затворничестве. В келий его не было ничего, кроме иконы Божьей Матери и обрубка пня, заменявшего стул. Огня он не употреблял.
Под рубашкой Серафим носил на веревках большой пятивершковый железный крест для умерщвления плоти, но вериг и власяницы не надевал никогда.
Пил он одну воду, а в пищу употреблял лишь толокно да квашеную капусту.
Воду и пищу монахи приносили к дверям его келий, а Серафим, накрывшись большим полотнищем, чтобы его никто не видел, стоя на коленях, брал блюдо и затем уносил его к себе. Единственным занятием его были молитвенные подвиги и чтение Нового завета (каждую неделю он прочитывал его от начала до конца, употребляя первые четыре дня на чтение Евангелия, а следующие три — на Деяния апостольские и послания). Иногда во время молитвы он впадал в особого рода состояние, когда не слышал и не видел ничего вокруг себя. Где была в это время его душа — неизвестно. Незадолго до смерти Серафим признался одному иноку, что Господь несколько раз раскрывал перед ним свое царство и переносил его в свои небесные обители. Там он не раз вкушал небесную сладость и блаженство.
За всеми этими подвигами святого совершенно миновали внешние бури, потрясавшие в то время мир (в том числе и война 1812 г.). Пробыв в строгом затворе около пяти лет, он потом несколько ослабил его — по утрам его видели гуляющим по кладбищу, дверь келий он больше не запирал, и каждый желающий мог видеть его, однако, продолжая хранить обет молчания, он поначалу не отвечал ни на какие вопросы. Затем Серафим стал постепенно вступать в разговоры с приходившими к нему иноками, а потом и с посторонними мирскими посетителями, специально приезжавшими в Саровскую обитель для свидания с ним. Наконец он стал принимать всех желающих, никому не отказывая в благословении и кратком наставлении. Слава об удивительном старце быстро распространилась по всем окружающим губерниям. К Серафиму потянулись люди всех возрастов и званий, и каждый искренне и чистосердечно раскрывал перед ним свой ум и сердце, свои духовные печали и свои грехи.
