Довольно быстро торговые суда оказались в сложном положении. «Кэмпфайр» радировал: «Юго-восточный шторм, очень сильная волна. Вижу два корабля, поднявшие сигнал «Не могу управляться». На борту американского транспорта «Патрик Генри» определили, что сила ветра составляет от 9 до 10 баллов, очень сильная волна била прямо в борт. Капитану пришлось отозвать экипаж бакового орудия, так как волна захлестывала банкет, на котором стояло орудие. До 20.00 шкипер пытался удержаться на предписанном ему месте в строю, но потом сдался. Скорость была уменьшена, и «Патрик Генри» положил руля лево на борт, оторвавшись от конвоя. Он снова присоединился к конвою на следующее утро, однако «Патрик Генри» был далеко не единственным судном отставшим невольно или сознательно выбравшим другой курс.
На рассвете выяснился неприятный факт — не менее 9 судов пропали вместе с 3 эскортными кораблями. Впрочем, эсминцы «Кэмпбелл» и «Маккей» и спасательное судно «Данктон» оставили строй по собственной инициативе. Они пошли к отставшим транспортам, которые находились неподалеку. Общая скорость конвоя из-за ужасной погоды пока не превышала 5 узлов.
Три отставших транспорта в течение дня самостоятельно вернулись к конвою. Эсминцы сообщили, что видят группу из 5 судов примерно в 15 милях по левой раковине. Вместе с ними находился «Данктон». «Маккей» был послан за ними ночью 4/5 сентября с приказом на рассвете привести эту группу к конвою.
К счастью, вскоре погода улучшилась до такой степени, что 5 сентября к 11.00 все отставшие суда подошли, за исключением транспорта «Джон Пенн» и спасательных судов «Данктон» и «Коупленд». Последний входил в группу «Маккея», но, видимо, самостоятельно пошел в Рейкьявик за углем, так как позднее у берегов Исландии он встретился с конвоем. «Данктон» тем временем обнаружил «Джон Пенн» и сопровождал его к конвою. «Эмпайр Тристрам» сообщил, что штормом разбило все спасательные шлюпки, кроме одной. В нее могли сесть не более 30 человек, тогда как численность экипажа составляла 70 человек. Коммодор Боддэм-Уитэм запросил, разрешить ли транспорту следовать дальше. Сначала эта информация была передана «Каталине», которая в 14.00 появилась над конвоем.
«Каталина» в ответ передала тревожную новость, что в 38 милях к северу видела на поверхности подводную лодку. Вскоре были получены сообщения о новых контактах, это убедило командира эскорта в том, что 4 или 5 немецких лодок развернуты поперек линии курса конвоя. Обнаружить противника в самом начале операции было крайне неприятно, особенно потому, что погода была очень плохой. Позднее стало известно, что немцы развернули подводные лодки в самом начале месяца, ожидая выхода PQ-18.
