Муладхара влияет на прямую кишку, почки, накопление спермы и на половые органы, а также на кости, кожу, мышцы, нервы и волосы. С ней связано возникновение таких физиологических расстройств, как геморрой, запор, ишиас и заболевания простаты. Она связана с чувством обоняния и ее вибрации вызывают расширение или сокращение легких.
Мишра пишет, что путем пратьяхары (отвлечение чувств) на этой чакре обуздываются гнев, похоть и жадность. Тоска и депрессия также считаются симптомами нарушения баланса в ней. Медитация над этой чакрой устанавливает контроль над привязанностями к роскоши, лжи, гордыне, зависти и самовлюбленности. Пандит говорил, что муладхара управляет физическими или подсознательными движениями, или импульсами. В янтре (символическом изображении чакры) есть кроваво-красный треугольник огня, который раздувает кандарпа вайю, причину сексуального возбуждения, важного для воспроизведения человеческого рода. Мотояма писал, что когда эта чакра пробуждается, она освобождает подавленные эмоции взрывообразно, что может привести к появлению чрезвычайной раздражительности и психологической неустойчивости у человека, нарушению режима сна, возбудимости, болтливости и вспыльчивости.
Медитация над богом этой чакры, Сваямбхулинга Махадевой, который сидит с лицом, повернутым назад, очищает от грехов. Брахма, бог абсолютной созидательной силы, также наделяет эту чакру богиней Дакини Шакти, энергией созидания. Если повторять мула мантру, сохраняя безмятежность ума и преданность и сосредоточившись на этой чакре, то можно пробудить ее богиню. В космологии йоги точно под этой чакрой находится энергия Кундалини, свернувшись в три с половиной оборота. Йоги считают, что именно здесь — место слияния сушумны (нади, несущей поток жизни), Ваджра Нади (нади, несущей электрический поток) и Брахма Нади (звуковой поток или поток духа). Это объясняет, почему три разные методики могут пробудить Кундалини: использование дыхания (потока жизни) и направление его потока по сушумне, отвлечение чувств (пратьяхара), которое является отводом праны, и концентрация их в основании позвоночника, что влияет на электрический поток, а также декламация мантр или повторение определенных звуков, воздействующих на звуковой поток. Это также объясняет взаимосвязь нескольких явлений, сопровождающих пробуждение Кундалини: ощущение тока энергий, напоминающих электричество, выбросы пранической энергии и спонтанное произнесение определенных звуков.
