Рукописи были переписаны в алфавитном порядке, разделены по формату — в лист, в четверть и в осьмушку, названия написаны на двух языках: русском и греческом или латинском. Сопоставляя эту опись с другими, Белокуров все же обнаружил, что названия и другие приметы некоторых рукописей не совпадают. Не меняясь по количеству, они не всегда оказывались одинаковыми по содержанию. Объем некоторых рукописей также вызывал сомнения. Но так как в старых каталогах они были описаны очень неточно, характер происшедших с ними изменений трудно было установить.
Не было ли первое описание греческих рукописей составлено после того, как Маттеи успел отделить от них какую-то часть или заменить одни рукописи другими?
Эти подозрения углубились еще больше, когда Белокуров от изучения каталогов перешел к исследованию самих рукописей.
Старинные рукописи обычно состоят из сшитых вместе тетрадей. Восемь согнутых пополам листов пергамена образуют тетрадь из шестнадцати страниц. Корешок тетради прошивался веревкой или тонким ремнем, концы которого прикреплялись к обтянутым кожей или тканью доскам переплета. Достаточно было вытащить или перерезать веревку, и тетрадь свободно извлекалась из переплета. Порядковый номер в виде цифровой буквы ставился не на каждой странице, а только на лицевой стороне первого и на обороте последнего листа. Так как остальные листы не нумеровались, то при незнании языка, на котором была написана рукопись, пропажа одного или даже нескольких листов могла не сразу броситься в глаза.
Но Белокуров знал греческий язык и, исследовав тексты, сразу же установил, что во многих рукописях недостает одной или даже нескольких тетрадей. В некоторых, особенно древних, были утрачены отдельные листы. Это можно было объяснить их ветхостью. Однако Белокурову бросилась в глаза своеобразная закономерность: исчезли не случайно выпавшие листы, а чаще всего имеющие самостоятельное значение, представляющие и в отдельности какую-нибудь ценность. Если рукопись состояла из нескольких глав и статей, они не были разрознены как попало, а отдельные главы были выдраны целиком.
Белокуров сначала очень удивился, когда Гебгардт сообщил ему, что ни на одной греческой рукописи, находящейся в Дрезденской библиотеке, он не нашел подписи Арсения. Гебгардт обнаружил на них только пометки об их бывшей принадлежности какому-то Афонскому монастырю.
Теперь Белокуров нашел этому объяснение. Тщательно маскируя следы своих хищений, Маттеи вырывал тетради и отдельные листы, чаще всего из середины или же из заключительной части рукописи. Если же он изымал какой-нибудь отрывок из начала, то ту страницу, на которой стояла подпись Суханова, он «обходил».
