Несмотря ни на что, город Пондишери рос, обгоняя другие колонии, строились новые укрепления, возводились склады и магазины. В это время на территории Карнатика шли ожесточенные бои между войсками Аурангзеба и маратхского князя Рама Раджи, нового повелителя Джинджи.
Дело в том, что в 80-х годах XVII века в Индии произошли серьезные перемены. В 1686 году войска Аурангзеба вторглись в Биджапур. В 1687 году Великий Могол стал государем Голконды. Только крайний юг полуострова еще не входил в состав владений императора. В 1680 году умер маратхскпй магараджа Шиваджи. Его сын и наследник Самбахаджи не проявил себя талантливым полководцем. В 1689 году он потерпел поражение в битве с войсками Аурангзеба, был взят в плен и казнен. Значительная часть Махараштры (так называлась земля маратхов) оказалась под властью Моголов. Второй сын Шиваджи, Рама Раджа, бежал на юг, в Карнатик, и завоевал княжество Джинджи. Его двоюродный брат Шахджи стал магараджей древнеиндийского княжества Танджур. Большинство маратхских феодалов признали Рама Раджу своим законным монархом. Аурангзеб, пытаясь окончательно уничтожить влияние наследников Шиваджи, стремился изгнать их из южных княжеств. Спасаясь от бедствий войны, многие жители Карнатика бежали в европейские колонии, которые быстро росли, в том числе и Пондишери.
Сохранилось довольно подробное описание Пондишери конца XVII века. Корабли, приплывавшие к городу, бросали якорь на расстоянии полулье от берега. На обычных шлюпах нельзя было перевозить людей и товары из-за почти никогда не стихающего здесь бриза. Пассажиров и товары доставляли к берегу на индийских лодках-челингах, плоских суденышках. Дно их не было осмолено, вода проникала туда постоянно, и двое индийцев все время вычерпывали ее. У реки находилось два водоема, откуда жители брали воду. За небольшим фортом находилась церковь капуцинов, а неподалеку от нее — церковь враждующих с ними иезуитов (обе были построены в 70-х годах XVII века). Высокий забор окружал здание Компании. Близ Пондишери селились ткачи, отбельщики. Их убогие хижины теснились в беспорядке, но уже появились красивые дома, принадлежавшие купцам. В 1690 году был разбит городской парк, в нем обычно прогуливались служащие Компании. На рынке шла бойкая торговля. Здесь продавались шелк-сырец, неокрашенные ткани, хлопок, перец, селитра, а также цветные ткали, которые французские купцы перепродавали в Другие страны. По вторникам на рынок съезжалось до 10 тысяч индийцев. «Белый город» насчитывал 300 человек. Некоторые чиновники и купцы заводили здесь семьи, беря себе в жены топасок [* Топасами называли потомков от браков португальцев с индийскими женщинами]. Французы не так чурались местного населения, как англичане в Мадрасе.
