3 сентября 1941 года, в связи с расширением объема работ, Особая группа была реорганизована в самостоятельный 2–й отдел НКВД СССР. Начальником подразделения остался П. А. Судоплатов. Его заместителями были утверждены Л. И. Эйтингон и В. А. Какучая.
Задачами 2–го отдела НКВД СССР и вошедших в его оперативное подчинение 4–х отделов территориальных Управлений НКВД являлись: формирование в крупных населенных пунктах, захваченных противником, нелегальных резидентур и обеспечение надежной связи с ними; восстановление контактов с ценной проверенной агентурой органов госбезопасности, оставшейся на временно оккупированной советской территории; внедрение проверенных агентов в создаваемые противником на захваченной территории антисоветские организации, разведывательные, контрразведывательные и административные органы; подбор и переброска квалифицированных агентов органов госбезопасности на оккупированную врагом территорию в целях их дальнейшего проникновения на территорию Германии и других европейских стран; направление в оккупированные противником районы маршрутной агентуры с разведывательными и специальными задачами; подготовка и переброска в тыл врага разведывательно—диверсионных групп и обеспечение надежной связи с ними; организация в районах, находящихся под угрозой вторжения противника, резидентур из числа преданных и проверенных на оперативной работе лиц; обеспечение разведывательно—диверсионных групп, одиночных агентов, специальных курьеров и маршрутных агентов оружием, боеприпасами, продовольствием, средствами связи и соответствующими документами.[131]
В октябре 1941 года войска при Особой группе НКВД были переформированы в Отдельную мотострелковую бригаду особого назначения (ОМСБОН) НКВД СССР в составе двух мотострелковых полков: четырехбатальонного и трехбатальонного со специальными подразделениями (саперно—подрывная рота, авторота, рота связи, отряды спецназначения, школа младшего начсостава и специалистов).
Перед бригадой ставились задачи: оказание помощи Красной Армии средствами разведывательных, диверсионных, военно—инженерных и боевых действий; содействие развитию массового партизанского движения; дезорганизация фашистского тыла, выведение из строя коммуникаций врага, линий связи и других объектов; осуществление стратегической, тактической и агентурной разведки; проведение контрразведывательных операций.
Руководящее звено отрядов ОМСБОН составили опытные оперативные работники органов госбезопасности и командиры пограничных и внутренних войск НКВД. Личный состав набирался из числа политэмигрантов, в том числе прошедших Гражданскую войну в Испании, спортсменов, специалистов по иностранным языкам.
