Когда до президента Полка дошли известия о деле Торнтона, он добавил их к непринятию Слайдела в качестве "Casus belli". Сообщение Конгрессу от 11 мая 1846 года гласило, что Мексика "вторглась на нашу территорию и пролила американскую кровь на американской земле". Объединённое заседание конгресса подавляющим большинством одобрило объявление войны. Демократы единодушно поддерживали войну. 67 представителей партии вигов голосовали против войны при обсуждении поправок, но в последнем чтении только 14 вигов проголосовали против. США объявили войну Мексике 13 мая 1846 года, а Мексика объявила войну 23 мая…
После объявления войны американские войска вторглись на мексиканскую территорию по двум основным направлениям. Военное ведомство США отправило кавалерию под командованием Стивена Кирни, чтобы захватить Западную Мексику от форта Ливенворт, усиленного тихоокеанской флотилией под командованием Джона Д. Слоата. Этот шаг был обусловлен беспокойством, что Британия могла также попытаться оккупировать эти земли. Ещё двум соединениям под командованием Джона Е. Вула и Тейлора было приказано захватить мексиканские земли как можно южнее от города Монтеррей.
К тому времени северные регионы Мексики (Верхняя Калифорния и Новая Мексика) были крайне слабо заселены: колонии были небольшие и располагались на значительных расстояниях друг от друга на обширной территории. При этом жители этих колоний (потомков испанцев и перенявших их культуру индейцев, а также американцев) по численности превосходили коренное индейское население.
14 июня 1846 года 30 американских поселенцев в Сономе после ночной встречи арестовали и заключили под стражу подполковника Мариано Гуадалупе Вальехо и провозгласили независимость республики Калифорния. Так проявила себя кратковременная «республика», влияние которой никогда не выходило дальше Сономы и разбросанных тут же частей северной Калифорнии. Капитан американской армии Джон Фримонт прибыл со своими солдатами на так называемое "восстание медвежьего флага" в Сономе 25 июня и организовал разношёрстную группу мятежников, которая стала называть себя Калифорнийским батальоном.
7 июля на тихоокеанском побережье Калифорнии Слоат заявил о своих правах на Монтерей, получив формальный контроль над Калифорнией под американским флагом. Позднее, 15 июля, он передал командование командору Роберту Стоктону.
13 августа 1846 года американские военно-морские силы высадились в Лос-Анджелесе и подняли американский флаг без всякого сопротивления. Однако, жестокие военные законы капитана Арчибальда Гиллеспи, действующего военачальника Лос-Анджелеса, стали причиной народного восстания, руководимого мексиканским патриотом в Калифорнии Хосе Мария Флоресом. Небольшой, но деспотический гарнизон Гиллеспи был изгнан 23 сентября, а его самого пощадили во время перемирия при условии, что он немедленно покинет Калифорнию.
