Фрэнсис приходит в лечебницу и обнаруживает, что её директор и Калигари — одно и то же лицо. Выясняется, что знаменитый психиатр проводил опыты итальянца Калигари, дававшего гипнотические приказы своему медиуму. Эксперименты проводились на одном из пациентов лечебницы.
Узнав, что Чезаре мёртв, директор впадает в бешенство, санитары надевают на него смирительную рубашку.
Такая зловещая история в духе Гофмана была революционной для кинематографа, но расшифровывалась просто. Калигари, посылавший своего медиума убивать людей, — это немецкий император Вильгельм, точнее, его система. Чезаре, по мысли сценаристов, олицетворяет собой немецкого солдата, безвольную жертву системы. Яновиц и Майер хотели заклеймить произвол государственных властей. Чезаре совершал кошмарные убийства, подобно тому, как люди на фронтах мировой войны убивали друг друга, бессмысленно, не по своей воле…
Однако Вине изменил сценарий в соответствии с предложением, сделанным Поммеру Фрицем Лангом. «В тот момент требовалось снять „Калигари“, скажем, в экспрессионистском стиле, — вспоминал Ланг. — Это намерение было с самого начала. Думаю, что единственное, что я внёс в фильм, были слова: „Дети мои, вы не сможете так сделать картину. Это уже слишком. Экспрессионизм, каким вы его себе представляете, невозможен. Он напугает публику“. Вот тогда-то я и предложил усложнить действие. Предложение было принято — начало и финал происходили в доме для душевнобольных. В финале, когда на Калигари должны надеть смирительную рубашку, вам объясняют, что эту сказку выдумал Фрэнсис, отождествляя Калигари с директором психиатрической больницы, где происходит как пролог, так и эпилог».
На первый взгляд изменения были несущественными, в действительности же они перечёркивали идейную концепцию сценаристов.
«Кабинет доктора Калигари» теперь начинался с разговора двух мужчин в парке. Тот, что постарше, шепчет: «Привидения… они повсюду вокруг нас. Они изгнали меня из моего дома, оторвали от семьи, отняли у меня жену и ребёнка». Мимо них, словно призрак, проходит девушка. Фрэнсис, тот, что помоложе, указывает на неё как на свою невесту, добавляя: «То, что было с нею пережито, ещё более странно, чем случившееся с вами». И тогда на экране разворачивается рассказ Фрэнсиса.
В финале появляется доктор Калигари со своими ассистентами. Он осматривает пациентов психиатрической лечебницы. Среди больных — многие герои рассказа Фрэнсиса, в том числе Чезаре и Джейн. Следовательно, вся история — полуисповедь, полубред одного из пациентов больницы для душевнобольных.
