Как идеократическое государство, возникающее революционным путем, Советское государство неминуемо вступало в конфликт с Церковью, которая была важнейшей частью старой государственности. Сосуществование двух структур, претендующих на статус высшего арбитра в вопросах общей этики, двух "носителей истины", было невозможно. Разделение их "сфер влияния" могло быть сделано лишь в стабильный период.67 Коммунистическое учение того времени в России было в огромной степени верой, особой религией, во имя которой большевики и повели борьбу с «неправильной» верой. В частности, последующее разрушение Храма Христа Спасителя с проектом построить на его месте Дворец Советов проявляет именно религиозный характер конфликта с традиционным устроением нового храма именно на развалинах прежнего (затягивание стройки и "спускание на тормозах" всего проекта говорит о восстановлении здравого смысла, изживании религиозной компоненты в советской идеологии).
Формы конфликта были обострены из-за того, что общая для культурного слоя в первые месяцы уверенность в недолговечности режима большевиков толкнула Церковь на открытое выступление против Советской власти. 19 января 1918 г. патриарх Тихон предал ее анафеме, и большая часть духовенства стала сотрудничать с белыми. На это ответили "Декретом об отделении церкви от государства", целесообразность которого до этого вызывала сомнения в партии. Часть клира, включая некоторых иерархов, попала под репрессии, особенно во время "красного террора". По архивным данным в 1918 г. было расстреляно 827 священнослужителей (в 1919 г. — 19).
После окончания гражданской войны была начата огромная по масштабам организованная кампания против Церкви (в частности, ликвидация по всей стране мощей православных святых и закрытие монастырей). Главный удар был приурочен к страшному голоду в Поволжье 1921 г. в виде кампании по изъятию церковных ценностей для помощи голодающим.
Это прикрытие атаки на Церковь обезоруживало ее защитников и усиливало раскол в среде священников (часть их поддерживала акцию). В то же время грубость акции провоцировала Церковь на активное противодействие, которое как бы оправдывало последующие репрессии. 28 февраля 1922 г. патриарх Тихон выпустил послание, в котором призвал к защите церковного достояния. Акция по изъятию ценностей проходила трудно, с кровавыми столкновениями (их зафиксировано 1414). Начало было положено столкновением в г. Шуе 17 марта 1922 г., где набатным звоном было собрано около 3 тыс. верующих и в ходе стычки с красноармейцами погибли 6 человек. Возник неявный раскол и в среде большевиков, включая руководство. Часть коммунистов вышла из партии и даже активно участвовала на стороне верующих. Довольно упорное сопротивление оказывал председатель ВЦИК М.И.Калинин, осторожную позицию занимал В.М.Молотов. Большинство членов Политбюро поддерживали Л.Д.Троцкого. Примечательно, что большую и опасную работу по спасению ценностей проделали сотрудники Главмузея под руководством жены Л.Д.Троцкого.
