Постепенно грани между двумя категориями командного состава — «военспецов» и "красных командиров" ("краскомов") стирались, и к окончанию гражданской войны оба термина вышли из употребления и были заменены единым наименованием "командир РККА".
По мере эскалации гражданской войны и интервенции становилась очевидной необходимость создания массовой регулярной армии. Для руководства всеми вооруженными силами ВЦИК 2 сентября 1918 г. создает Реввоенсовет республики (РВСР) и учреждает должность главнокомандующего всеми войсками страны, назначаемого СНК. На фронтах и в армиях создавались РBС, члены которых назначались РВСР. В них входили командующий фронтом или армией, военспец и два политкомиссара. Роль РВС фронта и армии была велика. Так, когда несколько военспецов из Пермской дивизии перебежало к врагу, председатель РВСР Троцкий приказал расстрелять всех комиссаров, где были перебежчики. РВС армии направил протест в ЦК РКП(б), и приказ был отменен.
Во время гражданской войны и мобилизация рекрутов, и реквизация лошадей и фуража для армии проводились и белыми, и красными насильно. Вопрос был в том, какие усилия приходилось для этого прилагать. Причина победы красных была в том, что белым становилось все труднее и труднее пополнять армию, и в 1920 г. число новобранцев в Белую и Красную армии находились в отношении 1:5. По мере продвижения белых в их тылу вспыхивали восстания (по выражению историка Белой армии, "волна восставших низов").
Создание новой армии, тем более в условиях быстрого обострения военных действий, происходило трудно, требовало иногда крайних мер. Так, в августе 1918 г. при разгроме Красной Армии под Казанью некоторые отряды и одна часть панически бежали, и Троцкий требовал применить к ним «децимарий» — расстрел каждого десятого. В конце концов по приговору трибунала были расстреляны командир и комиссар Петроградского рабочего полка и 18 рядовых.
Важным шагом в становлении армии было введение в ноябре 1918 г. формы для военнослужащих, а в январе 1919 г. — знаков различия для командного состава. В сентябре 1918 г. был учрежден орден Красного Знамени, которым награждались за храбрость и мужество в боях.
Объединение усилий в борьбе с разрухой потребовало создания специальных органов управления. В декрете II Съезда Советов о создании правительства было предусмотрено образование ряда экономических наркоматов. Вскоре, однако, стало ясно, что необходим единый центральный экономический орган. В основу его была положена идея централизации управления хозяйством по отраслям и участие трудящихся в управлении через фабзавкомы.
