ВРК назначал своих комиссаров в воинские части, в отдельные учреждения, предприятия Петрограда и в провинцию. С момента своего создания и до 10 ноября 1917 г. он назначил 184 комиссара в гражданские учреждения, 85 — в войсковые части и 72 в провинцию. Комиссары ВРК наделялись полномочиями по реорганизации госаппарата, по увольнению персонала, правом ареста "явных контрреволюционеров". Они должны были действовать в тесном контакте с общими собраниями и комитетами солдат и рабочих, с Советами.
После победы революции ВРК создавал различные отделы и комиссии. По сообщению газеты "Известия ЦИК" от 14 октября 1917 г. о создании ВРК, он должен был подразделяться на отделы: 1) обороны, 2) снабжения, 3) связи, 4) информационное бюро, 5) рабочей милиции, 6) стол донесений, 7) комендатура. По мере необходимости возникали новые отделы. Так, 29 октября 1917 г. был создан продовольственный отдел, на плечи которого легло снабжение Петрограда и фронта продовольствием. Действовала следственная комиссия, проводившая не только расследование преступлений против революции, но и оперативную работу по задержанию противников революции и заключению их в тюрьму. Кроме того были созданы отдел печати, реквизиций, агитационная комиссия. В первые дни ноября 1917 г. агитаторы ВРК (всего около 300) выехали в разные концы страны. Они провели большую работу на местах по установлению Советской власти и разъяснению ее политики.
21 ноября 1917 г. постановлением ВРК создается комиссия по борьбе с контрреволюцией в составе пяти человек. Это был первый в советском госаппарате специальный орган по борьбе с контрреволюцией.
ВРК создавал и свои вооруженные силы. Так, в ноябре 1917 г. им было создано 10 летучих отрядов по 50 человек для охраны продовольственных грузов. В ВРК существовали еще штаб, полевой штаб, бюро комиссаров авиации и воздухоплавания, особая разведка, врачебно-санитарный отдел.
Компетенция ВРК не была очерчена каким-либо нормативным актом и на протяжении его истории менялась. Весьма часто ВРК сам определял свою компетенцию. Он занимался многими проблемами: формированием органов советского государственного аппарата (отделов ВЦИК, аппарата наркоматов и т. д.), снабжение Петрограда и армии продовольствием, борьба со спекуляцией, пьяными погромами, хулиганством, осуществлял охрану общественного порядка и т. д. ВРК пресекал вооруженные выступления контрреволюции, раскрывал и ликвидировал многочисленные заговоры против власти, боролся с контрреволюционной печатью, саботажем чиновников и т. д.
