Легион был сформирован согласно штатному расписанию германской армии как стандартная часть полкового типа. Перед отправкой на фронт он имел следующую структуру:
— штаб полка;
— комендантская рота;
— 3 пехотных батальона: два первых были набраны из хорватов, а третий из боснийских мусульман, каждый батальон имел по 3 пехотные роты;
— пулеметная рота;
— противотанковая рота;
— хозяйственная рота.
Артиллерия полка состояла из трех батарей 105-мм орудий (всего 18 орудий).
В это же время был организован запасной батальон полка. Сразу после своего создания он был переведен в г. Стокерау (Австрия), где его основной задачей стала подготовка пополнения для полка в виде маршевых рот.
Первоначально командиром полка был назначен полковник И. Маркулья, его 22 сентября 1942 г. сменил полковник В. Павичич. Наконец, 17 января 1943 г. последним командиром был назначен подполковник И. Месич, командовавший до этого артиллерией полка.
После окончательной организации полк был переведен в Доллерсхейм (Германия), где его довооружили и экипировали, а бойцы приняли присягу на верность «фюреру, поглавнику Германии и Хорватии». Оттуда полк через Венгрию и Бессарабию был отправлен в немецкую группу армий «Юг» на Украину, где 9 октября 1941 г. вошел в состав 100-й немецкой егерской дивизии.
Таким образом, Хорватский легион не предназначался для боевых действий на Балканах. Кроме того, инициатива его создания принадлежала властям НГХ. При этом ни правительство НГХ, ни командование его вооруженных сил, не выступали против использования легиона за пределами Балкан.
Однако ситуация в корне изменилась, когда инициативу по созданию добровольческих формирований взяло на себя руководство СС. В феврале 1943 г. Гиммлер отдал приказ о наборе добровольцев в новую дивизию войск СС: на этот раз ее предполагалось сформировать из боснийских мусульман. При этом ему было необходимо заручиться хотя бы формальным согласием правительства НГХ, так как набор предполагалось вести среди его граждан. Но поскольку в основу набора был положен именно национально-религиозный принцип, это особенно встревожило руководство Хорватии: оно не без оснований опасалось возникновения мусульманского сепаратизма.
Это была первая — политическая — причина опасений правительства НГХ. Другая же — военная — заключалась в том, что, давая разрешение на набор добровольцев из числа боснийских мусульман, оно тем самым ослабляло свои вооруженные силы и лишало их значительного источника для пополнения.
