Наконец, имеются факты, которые, хотя и не противоречат теории эволюции, но которые она до сих пор не может объяснить. К ним относятся: вымирание различных видов и существование так называемых "живых ископаемых" (реликтовой фауны), сегодня живущих видов, которые почти в идентичной форме существовали в далёкие времена (гинкго, наутилус). С другой сторны, имеются зачастую преобразования органов, несмотря на константность функций и константность окружающих условий. Основания для остановки эволюции и изменений, указанных в конце, не известны, так же как и быстрая редукция глаз у кишечнополостных или утрата способности к регенерации у высших животных.
Одно из существенных предметных возражений состояло в том, что скорость эволюции слишком мала, чтобы могло возникнуть существующее многообразие видов вследствие случайных мутаций (которые к тому же ещё в существенной степени рецессивны!). Эти возражения сегодня несостоятельны. Во-первых, Земля много старше, нежели считали ещё сотню лет назад (см. стр.60). Значительно уменьшилось, далее, число необходимых поколений (для осуществления рецессивных, но полезных мутаций), если мутационное и селективное давление действуют равнозначно. Учитывая также другие эволюционные факторы, скорость эволюции повышается ещё значительнее.
Прямых доказательств недоставало. Экспериментальной генетики ещё не было. Даже законы, открытые Менделем в 1865 г. оказались забытыми и были переоткрыты заново лишь в 1900 г. (Корренс, Чермак, де Фриз). Попытки выведения новых видов осуществлялись, правда, уже в 18 веке; но они не могли трактоваться прямо как «естественный» отбор. К тому же пресказательная сила теории эволюции очень ограничена.
Против теории эволюции выдвигались религиозные и идеологические возражения. Библейские сообщения о генезисе противостоят теории эволюции, "хотя некоторые естествоиспытатели изумлялись тому, как ленивцы с горы Арарат попали в южную Америку и почему ни один из них не остался по пути". (Russel,1952,42).
Насколько мощным может быть идеологическое влияние, с ужасающей отчётливостью показала история советской генетики между 1934 и 1964 гг. Целое поколение учёных должно было капитулировать перед шарлатаном, пользовавшимся политическим покровительством (Лысенко)(45).
Философские взгляды теории преформизма, которая индивидуальное развитие понимала прежде всего как развёртывание внутреннего плана, была также распространена на проблемы родовой истории. В соответствии с ней, эволюция не создаёт подлинных изменений, а состоит только в вызревающем завершении внутренних потенций. (Это понимание защищал также Лейбниц). Используемые понятия, «эволюция» и «развитие», к сожалению, дают повод для таких трактовок.
