Учили плаванию над и под водой. Затем начинались упражнения, ничем не отличавшиеся от упражнений в современных школах спецназа: прыжки с высоты и в высоту, лазанья на деревья с голым стволом, метание аркана, умение часами висеть на руках, маскировка на различных видах местности, различные виды бега, искусство скалолазания и подъем по отвесной стене, акробатика, умение вскакивать на несущуюся лошадь, и т. д. Кроме того, детей подвергали жестоким и весьма болезненным процедурам, с целью добиться свободного расчленения суставов. В результате многолетних упражнений суставная сумка расширялась, и ниндзя мог по собственному усмотрению «вынуть» руку из плеча, «отстегнуть» ногу, перевернуть стопу или кисть. Эти странные свойства были неоценимы в тех случаях, когда киллеру приходилось пролезать в узкие отверстия или освобождаться от пут. Оказавшись в руках преследователей и дав себя связать, ниндзя обычно напрягал все мышцы, чтобы потом ослабить веревку общим расслаблением, «вынимал» руки, чтобы петли соскользнули с плеч. Так же ниндзя приучали переносить любые погодные условия. Они могли часами сидеть в ледяной воде, ночевать в снегу, проводить дни под палящим солнцем, не есть и не пить длительное время. Острота зрения ниндзя позволяла ему ориентироваться в кромешной темноте, а слух был развит до такой степени, что часто при помощи «языка» различных птиц они переговаривались между собой за километры, а по дыханию спящих могли определить их точное количество.
Его учат убивать голой рукой, различными предметами и различным оружием. Воспитывают быть невосприимчивым к любой боли, быть терпеливыми, преодолевать любой страх и биться с отчаянной смелостью. Закаляют его волю и психику. Ниндзя бесшумно перемешается, ловко крадется, бегает на большие расстояния, прыгает с приличной высоты, и главное мочит всех подряд и всеми подручными средствами. Также ниндзя искусно «делает и ноги». Ниндзя — это настоящая машина для убийств. Для того чтобы заземлить наглухо клиента он готов на все. Описывают случай, когда один ниндзя долгое время просидел в туалете, в навозной яме, а потом поразил жертву, когда та пришла облегчиться.
Всё это достигалось ниндзя к молодому возрасту, когда он становился членом рода. Только став полноправными членами общины, юноши и девушки переходили от стандартного психофизического тренинга к познанию сокровенных таинств духа, заключенных в учении монахов-ямабуси, в дзен и в изощренных методиках йоги». Многие самураи, не говоря уж о простых горожанах и крестьянах, всерьёз верили, что ниндзя знаются с нечистой силой, и чему, конечно, было достаточно оснований. Взять, хотя бы, удивительное свойство неожиданно исчезать из поля зрения, словно растворившись в воздухе.
