В первые годы своего существования колониальное управление занималось только вопросами внутренней организации колоний. Все военные дела, связанные с колониями, находились в компетенции морского министерства, а вопросы общей политики - министерства иностранных дел.
Все усиливавшаяся централизация государственного управления колониями привела к созданию 17 мая 1907 г. самостоятельного министерства по делам колоний и ликвидации Колониального совета. Соответственно изменилась система управления в колониях. С 1890 г. представителей частных компаний сменили губернаторы, назначенные императором. Губернатор в "германскую" Новую Гвинею был назначен 1 апреля 1899 г. и наделен всей полнотой власти, как военной, так и гражданской.
Германская администрация осуществляла свою деятельность в колонии через назначавшихся ею вождей деревень, называвшихся лулуаи. Последние получали от губернатора остроконечную шапку как символ власти. Их введение в должность обставлялось весьма торжественно для того, чтобы подчеркнуть в глазах коренных жителей значение деятельности старост, связь последних с колониальной администрацией.
Лулуаи собирал налоги, разбирал незначительные споры, возникавшие между местными жителями, сообщал колониальным властям о крупных спорах, контролировал выполнение предписаний германской администрации. В помощь лулуаи назначался тултул (информатор), осуществлявший связь между германскими властями и вождями деревень.
Германские колониальные власти пытались создать более широкие административные объединения из нескольких деревень, но это у них не получилось. Коренным жителям была совершенно непонятна сама идея подобных объединений; кроме того, на острове существовала сильнейшая межплеменная вражда. Поэтому лулуаи воспринимались только как вожди отдельных деревень.
Между германской администрацией и коренными жителями отношения установились враждебные. За первые 25 лет германского господства было убито 55 европейцев. Власти организовывали карательные экспедиции, в которых принимали участие полицейские подразделения, сначала состоявшие из малайцев, а затем из жителей сопредельных с Новой Гвинеей островов - Бука и Япен. Частями командовали германские офицеры. Экспедиции отличались крайней жестокостью. Бывали случаи, когда во время рейда погибало до сотни жителей. Дома и каноэ их уничтожались.
С наступлением XX в. подобные экспедиции не прекратились. Более того, в каждом из ежегодных отчетов колониальной администрации можно найти о них сообщения. Так, в отчете за 1909-1910 гг. говорится, что во время карательной экспедиции было убито пять коренных жителей. В отчете за 1912-1913 гг. указывается, что на острове Умбои было убито два человека: "Преступники были убиты в перестрелке с ребятами из районной полиции"
