Согласно предварительной договоренности (достигнутой еще до оформления захвата Новой Гвинеи), колонии должны были оплачивать расходы по управлению территорией и внести 15 тыс. ф. ст. в счет покрытия своей доли расходов на первом году управления. Однако сразу же после заключения соглашения с Германией начался спор о том, какую часть расходов возьмет на себя Великобритания и как будет распределена между колониями общая сумма их расходов по управлению "британской" Новой Гвинеей.
В конце концов, решили, что колонии внесут те же 15 тыс. ф. ст., а Великобритания купит корабль для нужд протектората и станет оплачивать стоимость его обслуживания.
Прибыв на Новую Гвинею в августе 1885 г., Скретчли начал знакомиться с островом, совершая поездки вдоль побережья до границ германских владений. Он выдвинул идею так называемого непрямого управления, т. е. через назначаемых британскими властями районных вождей из числа коренных жителей. Но претворить ее в жизнь П. Скретчли не смог. Через три месяца он умер от малярии.
После этого специальным комиссаром по делам протектората был назначен бывший премьер Квинсленда Джон Дуглас, который на этом посту оставался до 1888 г., когда в статусе "британской" Новой Гвинеи произошли изменения. В июле 1888 г. акт английского парламента ликвидировал декоративную форму правления - протекторат, и территория в качестве колонии вошла в состав Британской империи, получив официальное название - Британская Новая Гвинея.
Первым администратором новой колонии стал У. Мак-Грегор - шотландский врач, служивший до того на островах Фиджи. Его назначение явилось известной уступкой британского правительства своим австралийским колониям. Дело в том, что У. Мак-Грегор представлял Фиджи на сессии британских колоний в городе Хобарте на Тасмании в 1886 г., и австралийцы убедились, что ему понятна их заинтересованность в Новой Гвинее (Грегора поэтому особенно поддерживал премьер Квинсленда Самуэль Гриффит). Однако У. Мак-Грегор, так же как и А. Гордон, считал, что власть над новой территорией должна находиться в руках британского министерства колоний.
4 сентября 1888 г. У. Мак-Грегор прибыл в Порт-Морсби. Управление такой колонией, как Новая Гвинея, оказалось делом нелегким, во-первых, ввиду ее крайней удаленности, во-вторых, из-за своеобразия установленной административной системы, явившейся следствием компромисса, на который британское правительство пошло с правительствами своих австралийских колоний. Колониальная администрация в Британской Новой Гвинее находилась, по существу, в двойном подчинении. С одной стороны, У. Мак-Грегор, будучи представителем британского правительства, отчитывался в своих действиях перед министерством колоний в Лондоне, а с другой - его контролировали правительства тех английских колоний в Австралии, которые выделяли средства на нужды управления Британской Новой Гвинеей, т. е. Квинсленда, Нового Южного Уэльса и Виктории. Больше всего досаждало К. Мак-Грегору правительство Квинсленда, претендовавшее на исключительную роль в руководстве управлением Британской Новой Гвинеей. Особенно сильные столкновения происходили у Мак-Грегора с Генри Норманом, губернатором Квинсленда с 1889 г. по 1896 г. Трижды, в 1890, 1893 и 1894 гг., Мак-Грегор угрожал уйти в отставку. Обо всех своих действиях У. Мак-Грегору, как администратору Британской Новой Гвинеи, приходилось сначала докладывать губернатору Квинсленда, а тот уже посылал эти доклады в Лондон. Ответ от министерства колоний Мак-Грегор получал не раньше, чем через 10 месяцев. Большие трудности Мак-Грегор испытывал с комплектованием штата колониальной администрации. Все чиновники формально считались служащими британского министерства колоний. Но жалование они получали из денежных фондов, образовывавшихся за счет взносов британских колоний в Австралии. Поэтому последние, главным образом Квинсленд, претендовали на контроль за назначениями и передвижениями чиновников колониальной администрации. Мак-Грегор постоянно сталкивался с финансовыми затруднениями, аппарат администрации был всегда недоукомплектован. В период десятилетней деятельности У. Мак-Грегора в штате колониального управления Британской Новой Гвинеи служило всего 64 человека, из которых 12 умерло, 14 были уволены и 3 смещены с занимаемых постов. При администраторе существовали Законодательный и Исполнительный советы. Они состояли полностью из британских чиновников и никакой роли практически не играли.
