Через 3 года Толстой при помощи правителя своей канцелярии Алексея Дмитриевича Пазухина и М. Н. Каткова разработал цельную программу контрреформ и стал энергично проводить ее в жизнь, опираясь на поддержку Александра III. Но 25 апреля 1889 года Толстой умер, не закончив реализацию этой программы, однако новая поросль выпестованных им администраторов довела его дело до конца.
В 1885 г. Пазухин опубликовал свою программную статью, обосновывавшую необходимость контрреформ и их основное содержание, первые же мероприятия в таком духе были осуществлены Д. А. Толстым уже летом 1882 года. 18 июня был принят циркуляр о гимназиях, запрещавший обучение в них детей несостоятельных родителей. 27 августа вводились «Временные правила» о печати, устанавливавшие «карательную цензуру», которая могла штрафовать или закрывать на время то или иное издание. Правда, запрещать вообще какое-либо издание могло лишь Совещание министров внутренних дел, юстиции, народного просвещения и обер-прокурора Синода.
В 1884 году был введен новый устав университетов, отменивший прежний либеральный устав 1863 года и ликвидировавший автономию университетов. Отныне они отдавались под совершеннейший контроль Министерства народного просвещения. В 1887 году подвергли ревизии судебную реформу: процент заседателей-дворян был значительно увеличен, а через 2 года из ведения суда присяжных были изъяты дела о сопротивлении властям и ограничена публичность заседаний. В том же 1889 году был принят закон о земских начальниках, по которому они не выбирались, как прежде, а назначались только из числа дворян министром внутренних дел по представлению местного губернатора и предводителя дворянства. В волости и административная и судебная власть принадлежала ему, а в уезде – уездному съезду земских начальников под председательством местного предводителя дворянства. В развитие этого закона в 1890 году был увеличен процент дворян в уездных земских собраниях. Наконец, в 1892 году были пересмотрены и отдельные положения городской реформы, и из состава избирателей были исключены горожане, обладавшие собственностью до 300 рублей.
Такими были главные вехи во внутренней политике Александра III. Однако было бы неправильно не видеть и многого такого, что в конце XIX века сделало Россию одной из бурно развивающихся стран. Уже в 1882 году был учрежден Крестьянский поземельный банк и отменена подушная подать, принят закон об ограничении труда малолетних на промышленных предприятиях, образована фабричная инспекция. На следующий год появился закон об ограничении ночной работы женщин и подростков. Были приняты меры по признанию равноправия старообрядцев с другими христианскими конфессиями. Однако все это не сняло социального напряжения, и потому в эти годы стачки, забастовки и попытки воскрешения терроризма время от времени сотрясали государство.
