После войны Визенталь сообщил американским следователям, которые занимались темой военных преступлений, что был арестован 13 июля и сбежал из тюрьмы благодаря взятке. Переместив дату своего ареста на 6 июля, Визенталь подогнал его под период еврейских погромов во Львове.
В конце 1941 года Визенталь оказался в Яновском концлагере под Львовом, где подружился с немцем Адольфом Кохлраутцем, старшим инспектором лагерной мастерской, тайным антифашистом. Кохлраутц неоднократно спасал его от смерти, в том числе устроив им с другом побег в октябре 1943 года. Но об этой истории известно лишь со слов Визенталя. В то же время о судьбе Кохлраутца известно мало, а в показаниях в первые послевоенные годы Визенталь вовсе не упоминал, что Кохлраутц его спас.
В ноябре 1944 года Визенталь оказался в концлагере Гросс-Розен близ Вроцлава. Своему биографу Хелле Пик он поведал, что там в очередной раз спасся от смерти чудом, благодаря инспекции Красного Креста. Визенталю только раздавили палец на ноге, который пришлось ампутировать, затем началась гангрена. Эта история отсутствует в других свидетельствах Визенталя. К тому же, она совершенно неправдоподобна: во-первых, в присутствии инспекции казни были бы приостановлены, а, во-вторых, в тот период Красный Крест вообще в концлагеря не допускали.
Визенталь утверждает, что вскоре после ампутации смог пройти пешком 170 миль до другого лагеря. Он оказался в лагере Маутхаузен в Австрии, где гангрена по его ноге распространилась до колена. Однако, когда лагерь освободили, Визенталь смог встать и выйти из барака. Вылечить ногу без ампутации можно было только антибиотиками, что крайне маловероятно.
Визенталь выздоровел поразительно быстро — всего через 20 дней он вызвался помогать американцам в расследовании военных преступлений. «Утверждая, что находился в 13 концлагерях — в действительности он находился не более чем в шести — Визенталь представил список из 91 имен тех, кто был виновен в бессчетных страданиях», — пишет автор.
Позднее Визенталь писал, что за несколько недель вместе с американцами изловил много преступников. Однако в его резюме, составленном вскоре после войны, не упоминается его сотрудничество с американцами. В документе сказано, что Визенталь был вице-председателем Еврейского центрального комитета в американской оккупационной зоне в Австрии.
В феврале 1947 года Визенталь создал Центр еврейской документации в Линце. «По словам Визенталя, он услышал от одного американского офицера антисемитское высказывание и понял, что члены союзнической коалиции никогда не будут охотиться за нацистами в необходимых масштабах», — пишет Уолтерс. Команда Визенталя собрала показания 3289 бывших узников — намного больше, чем англо-американские силы.
