Однако после этого спектакля Камерный театр и в прессе, и в дискуссиях стали называть формалистическим: так были восприняты философские обобщения Таирова, говорившего о связи судьбы человека с судьбой эпохи.
Вслед за трагедией «Египетские ночи» в театре была поставлена комическая опера А. Бородина «Богатыри» (1936) с новым текстом Демьяна Бедного. Зрелище получилось яркое, пёстрое, слегка стилизованное под палехские миниатюры. Вскоре последовали обвинения в искажении исторического прошлого русского народа. Спектакль был снят.
Критика обрушилась на Камерный театр и его руководителя со всех сторон. Утверждалось, что в практике театра была целая «система замаскированных вылазок против нашей партии, советского строя и Октябрьской революции».
Работу над оперой Прокофьева «Евгений Онегин» пришлось прекратить. В августе 1937 года волевым решением были слиты воедино таировский Камерный театр и Реалистический театр Охлопкова. Так продолжалось два года. В искусственно объединённой труппе царил хаос.
В 1940 году появился ещё один великий спектакль Таирова, где опять мощно зазвучало трагическое дарование Алисы Коонен — «Мадам Бовари» по Флоберу. Режиссёр не инсценировал Флобера в традиционном понимании — он вскрывал драматизм этого романа, всматриваясь в самую глубину человеческой души.
Война застала театр на гастролях в Ленинграде. Спешный отъезд в Москву. В начале сентября состоялась премьера спектакля «Батальон идёт на Запад» Г. Мдивани.
Камерный театр только в эвакуации на Балхаше и в Барнауле дал более 500 спектаклей. Среди премьер этого периода — «Фронт» А. Корнейчука, «Небо Москвы» Г. Мдивани, «Пока не остановится сердце» К. Паустовского, «Раскинулось море широко» и «У стен Ленинграда» Вс. Вишневского.
В 1944 году в Камерном театре шла «Чайка». Главным принципом постановки стали слова Чехова: «Не надо театральности. Просто всё надо, совсем просто». Объясняя выбор пьесы, Таиров говорил, что «Чайка» звучит «как сейчас созданная пьеса, показывая, как человек побеждает всё и идёт в жизнь, ведь Нина Заречная будет большой актрисой. „Чайка“ — пьеса большой веры в человека, в его звезду, в его будущее, в его возможности».
Режиссёр взял лишь фрагменты чеховского текста. Актёры играли без грима — читали текст по ролям, изредка меняя мизансцены на практически пустых подмостках. Речь «Чайки» звучала, как музыка, сливаясь с мелодиями Чайковского.
Другой спектакль Таирова 1944 года, «Без вины виноватые», с помощью художника В. Рындина возвращал А. Н. Островскому красочность, сладость и грусть старинного театра. «Что-то от одиночества бодлеровского альбатроса было в этой кооненовской Кручининой, в её отрешённом взгляде, устремлённом вдаль, поверх голов окружающих людей, в её движениях, непроизвольно быстрых и резких, несоразмеренных с теми ритмами и темпами, в которых двигалась толпа остальных персонажей», — напишет в дни премьеры Б. Алперс.
