Во время третьего слушания (13 октября 1931 года) суд вынес окончательный приговор: Аль Капоне был признан виновным в уклонении от уплаты налогов и приговорен к 11 годам тюрьмы и уплате 50 тысяч долларов штрафа. 3 мая 1932 года приговор был окончательно подтвержден высшей судебной инстанцией США.
К тому времени Аль Капоне находился в одной из камер тюрьмы в округе Куб, где чувствовал себя настолько свободно, что продолжал руководить своей бандой. И тогда его перевели сначала в тюрьму в Атланте, штат Джорджия, а затем — в мрачную тюрьму Алькатраз на острове в заливе Сан-Франциско. Там он кроил брюки из грубой шерстяной ткани, за что получал 7 долларов в неделю. Заключенные относились к нему без уважения и за то, что он частенько мыл полы в коридорах, прозвали "итальяшка со шваброй". Однажды Аль Капоне отказался поддержать забастовку заключенных, и один из забастовщиков ударил его ножницами в спину. Но удар оказался не смертельным.
Между тем былая распутная жизнь догнала Аль Капоне в заключении. В нем проснулся дремавший сифилис, что привело вскоре к параличу. 7 января 1939 года его перевели из мрачного Алькатраза на остров Терминал. Об этом не сообщила ни одна газета и это было симптоматично: некогда знаменитого бандита многие уже успели забыть.
В 1940 году окончательно добитый болезнью Аль Капоне был выпущен из тюрьмы условно-досрочно и уехал доживать в свой дом во Флориде. Он был уже практически невменяемым, ухаживать за ним вызвалась его жена, кстати, тоже больная сифилисом.
17 января 1947 года Аль Капоне отметил свое 48-летие и через восемь дней скончался от сердечного удара. Как писала в те дни пресса, "ушел из жизни преступник, по приказам которого было убито около 400 человек и 40 человек он убил собственноручно".
В отличие от других подобных процедур, на похоронах Аль Капоне было немноголюдно. Они прошли в Чикаго на кладбище Маундолевет. Однако затем толпы туристов буквально аккупировали скромную могилу "главного бандита Америки", и в 1952 году родственники перенесли его останки на другое кладбище.
