После капитула 1221 года, на котором был принят новый устав ордена, поражающий прежде всего своею обширностью, так как он занимал 10 страниц in folio, между тем как первый устав был написан на трех, эволюция ордена совершалась уже с необычайной быстротой. Ничто уже не могло задержать естественное течение вещей. Установление иерархии ордена повело за собой учреждение резиденций и монастырей, при которых оказалось необходимым иметь свои собственные церкви и т. д. Папство содействовало всеми зависящими от него средствами такому превращению францисканской общины, так как в своем новом виде францисканский орден мог быть очень полезен римской курии приобретенным им влиянием и репутацией. Но сам Франциск уже совершенно отступил на задний план. Его заменил в управлении орденом сначала Петр Катанский, а затем, по смерти Петра, на место его был поставлен честолюбивый и умный францисканец Илья, сделавшийся окончательным преемником Франциска после его смерти.
Покорившийся тому, что оказалось сильнее его, Франциск сошел со сцены и стал большую часть времени проводить в уединении, в горах своей любимой Умбрии. В центральной Италии нет ни одной местности, где бы не сохранилось о нем воспоминания. Между Флоренцией и Римом то и дело встречаются холмы, хижины и гроты, носящие его имя или имя кого-нибудь из его учеников. Однако его продолжали посещать верные ученики, недовольные новым духом, воцарившимся в общине. Случалось, что Франциск, вероятно подавленный нравственно таким искажением его идеала и искавший успокоения своей души в чувстве смиренной покорности, говорил им о таком смирении и послушании, которое должно быть идеалом каждого монаха. Он предлагал им взять за образец бездыханный труп, который не противится ничему.
Такое стремление к безусловному пассивному послушанию, к уничтожению в себе всякого протеста, ясно указывает на угнетенное душевное настроение Франциска, так как оно отчасти напоминает стремление к самоуничтожению, желание лишиться способности чувствовать и страдать, которое овладевает человеком во время сильных нравственных и душевных мук.
И действительно, Франциск должен был глубоко страдать нравственно, наблюдая, как постепенно “плотский дух” вторгается в его учреждение и облекает его в земные формы. Обет нищенства постепенно терял свое значение, и на сцену выступали властолюбие и забота о мирских интересах. Простой и бесхитростный Франциск был врагом схоластической учености, хотя и питал трогательную почтительность ко всякому писанному слову, поднимая и убирая каждый исписанный листок бумаги, “так как ведь на нем, может быть, начертано имя Господне”. Но, уступая духу века, община его невольно становилась центром учености, и Франциск с горем видел, что в ней, вместе с расширением ее знаний и учености, возникает худший из пороков: высокомерие и гордость, заменившие прежнее смирение, бывшее основной добродетелью францисканцев. Франциск особенно возмутился, когда францисканский настоятель в Болонье учредил в монастыре нечто вроде коллегии. Апостол когда-то высказал ему свое неудовольствие по этому поводу, но, по-видимому, настоятель не обратил на его слова никакого внимания, и кроткий Франциск пришел в такое сильное негодование, что даже проклял настоятеля; этот поступок указывает, как терзалась душа Франциска всем, что делалось вокруг него.
