Ненависть вызывалась еще больше мерами императора в области “идеологии”. Церковь начала упорную борьбу с цезаризмом. Пий VII открыто дружил с Англией и Австрией. За это последовал шенбруннский декрет о прекращении светской власти пап (1809 год), а Церковная область превращалась во французский департамент. Папа издал отлучительную буллу против “насильников”. Жандармы императора схватили его в полном облачении и привезли в Савону. Здесь больного старика подвергли одиночному заключению; у него отняли все – до письменного прибора и молитвенника. Наконец Наполеон собрал в Париже, под председательством дяди Фуше, “национальный собор” для утверждения новых епископов. Но владыки потребовали освобождения папы. Однако Фуше усмирил этих “церковных сторожей”, бросив некоторых из них в тюрьму. А измученный Пий VII был привезен в Фонтенбло, где его принудили подписать примирительный конкордат (1813 год). Но вслед за тем он вдруг опять воспрянул духом и издал отречение от этого конкордата. Тут к границам Франции подошли союзники, и Наполеон отпустил свою жертву в Рим.
Отношения императора к другим религиям оставались прежними. Но его терпимость нашла особенно яркое проявление в еврейском вопросе, который занимал его и с политической точки зрения. Получив права при революции, евреи устремились отовсюду в Эльзас; но они жили там особняком, увлекались ростовщичеством и уклонялись от воинской повинности. Император задумал “организовать из них нацию”. Так как у евреев не было главы, то он собрал “великий синедрион” (1806 год) из представителей всех синагог Европы. Наполеон предложил ему такую реформу, чтобы “у евреев осталось одно только еврейское – догма” и чтобы они вышли из того состояния, в котором “религия – единственный гражданский закон, как у мусульман и вообще в детстве народов!” Евреям предоставлялась религиозная свобода наравне с католиками, но с тем, чтобы они повиновались законам, в особенности же отбывали воинскую службу, ради чего вводились и фамилии. Так мозаизм стал одною из четырех “признанных” религий, наравне с греческой, англиканской и мусульманской. Все они сами содержали свое духовенство и подчинялись той статье уголовного кодекса, по которой требовалось разрешение для всякого сообщества свыше двадцати человек.
Нигде цезаризм империи не проявлялся так ярко, как в деле наиболее чуждом ему – в просвещении. Теперь-то идеал казенной учебы вполне осуществился под видом
