В довершение всего летом 1865 года вспыхнула холера. Чтобы не дать разгореться эпидемии, работы сократили сперва на час, потом на два, а рабочим назначили кофе и крепкие напитки. Холера началась в Египте, но слух, что на канале спокойно, привлек к нему пришельцев из Египта, искавших спасения, а вместе с ними – заразу. Рабочих охватила паника. Они бросились бежать в пустыню, к морю, сами не зная куда. Весь путь от Измаилии, городка у Тимсаха в честь хедива Измаила-паши, до Порт-Саида был усеян трупами этих несчастных. Бежала добрая половина рабочих, а из тех, кто остался, уцелело девять десятых. Надо сказать к чести компании, что никто из служащих не бросил дела, и, хотя несколько инженеров и докторов умерли от холеры, все оставались на местах. Сам Лессепс старался, сколько мог, успокоить трусливых, но все его усилия разбивались о невежество рабочих, особенно греков. Так продолжалось три недели, после чего холера прекратилась и мало-помалу все пошло своим чередом.
К концу 1865 года работы сводились к такому итогу:
1. Устроен водопровод от Измаилии до Порт-Саида на протяжении 80 верст со всеми машинами для водоснабжения.
2. Проведен пресноводный и судоходный канал от Нила к Суэцу на протяжении 100 верст, притом со шлюзами.
3. Морской канал проведен с севера до Измаилии и значительно углублен.
Пустынный перешеек оживился, повсюду проходили почта и телеграф, в Порт-Саиде было семь тысяч жителей, в его гавани перебывало 1800 судов под пятнадцатью флагами. Оставалось прорезать Серапеум, Шалуфский вал и двинуться к Суэцу. Для работ на Серапеуме употреблялся локомотив Куврера, нарочно приспособленный для этой цели. Экскаватор, как называлась эта машина, имел три ряда колес и ряд ковшей на боковой части, двигавшихся наподобие четок, один за другим. Ковши устанавливались в плоскости, наклонной к обрыву, и, совершая круговое движение, поочередно захватывали и поднимали землю и затем сбрасывали ее в вагоны, постепенно подходившие к экскаватору. Таких экскаваторов было семь для сухой выемки и один для мокрой. Их рассчитывали применить и при срытии Шалуфского вала. Работы на Шалуфе начались еще в 1864 году, но здесь обнаружилась ошибка разведчиков: под верхним слоем песка наткнулись на скалистый целик. Это было то место, по которому перешли когда-то евреи, пользуясь отливом, о нем не знали египтяне, но знал Моисей, старожил пустыни. Для снятия Шалуфа пришлось обратиться к пороху и выписать горнорабочих из Пьемонта. Наконец, исходя из предположения, что дальше к Суэцу могли точно так же встретиться подобные выходы скалы, канал повели не по прямой, а по кривой линии.
