Во втором акте Иоанн в своей таверне с беспокойством ждет возвращения матери с невестой; в это время в таверну входят анабаптисты, которые повсюду ищут царя на место своего погибшего «пророка». Пораженные сходством Иоанна с изображением царя Давида на одной очень чтимой в Мюнстере иконе, они стараются склонить его быть их царем, тем более что Иоанн видел сон, который анабаптисты объясняют пророческим указанием свыше. Но Иоанн, полный сладких надежд и мечтаний об ожидающем его счастье, отказывается от всех почестей; как раз в это время Берта вбегает к нему, умоляя спасти ее от преследователей. Он прячет ее, но сержант, ищущий Берту, грозит убить его мать, если он не выдаст беглянку. Чтобы спасти жизнь матери, Иоанн жертвует любимой девушкой; затем, не помня себя от отчаяния, он принимает предложение анабаптистов быть их царем в надежде, что власть даст ему возможность отомстить Оберталю; пользуясь сном Фидес, он тайно уходит от нее.
Третий акт представляет осаду Мюнстера анабаптистами, которая оканчивается их победой.
Четвертый начинается с того, что граждане Мюнстера несут в городскую ратушу все свое золото и серебро по приказанию анабаптистов, которые собираются короновать Иоанна. В Мюнстер пробирается Фидес под видом нищей; она уверена в смерти Иоанна, убитого, как ей сказали, по воле пророка. К ней вскоре присоединяется Берта, которая избавилась от Оберталя, бросившись в реку. Ее спасли рыбаки, и она явилась в Мюнстер, пылая ненавистью к пророку, от злодеяний которого решилась освободить Германию. Затем показан собор Мюнстера; в то время как приближается коронационная процессия и народ, думая, что Иоанн – избранник Бога, призывает на его главу благословение неба, Фидес проклинает того, в ком она потом узнает своего сына. Народ разъярен и хочет убить Иоанна как обманщика, выдававшего себя за пророка. Чтобы спасти себя и мать, он объявляет, что эта женщина принимает его за своего сына в припадке безумия, от которого он ее сейчас исцелит, причем кладет руку на голову Фидес и, подставляя свою грудь под удары толпы, предлагает всем поразить его, если эта женщина еще раз назовет его своим сыном. Фидес отрекается от сына для спасения его жизни; толпа, поверившая в чудесное исцеление безумной, проникается еще большим благоговением перед «пророком». Фидес заключена в подземелье; она знает о намерении Берты проникнуть во дворец Иоанна через посредство своего дяди – сторожа, чтобы произвести взрыв, и бьется в отчаянии, что лишена возможности предупредить несчастье. К ней в подземелье спускается Иоанн, просит ее прощения и объясняет ей причину своего поведения. Фидес, как мать, прощает сына, но Берта, которая вскоре приходит в подземелье для исполнения своего плана, узнав в Иоанне ненавистного пророка, проклинает его и лишает себя жизни. Опера кончается пиром во дворце Иоанна. Анабаптисты, узнав, что к Мюнстеру приближаются войска, предводительствуемые императором, решили выдать своего «пророка». Иоанн знает о грозящей ему измене; желая наказать вероломных и предпочитая смерть позору, он отдает тайное приказание взорвать дворец во время пира. Происходит взрыв, дворец рушится, и в его развалинах погибает Иоанн со всеми пирующими анабаптистами.
