Но важное научное движение, вызванное Линнеем, заключало в себе много недостатков. Знакомство с животными формами, основанное почти исключительно на их внешних признаках, не давало возможности глубже проникнуть в законы животного мира и стало тормозить научный прогресс зоологии. То, что в руках основателя и по его идее было только методом, в руках односторонних и ограниченных последователей сделалось самой целью исследования; для узких систематиков вся цель зоологии и ботаники стала представляться в том, чтобы описывать новые виды и классифицировать их; из науки о животных зоология превращалась в каталог животных, в науку об именах животных. При огромном авторитете, которым так долго пользовался Линней, его пренебрежение к анатомии и физиологии животных и растений дурно отозвалось на науке и на ученых его школы. Для Линнея не существовало вопроса о происхождении видов животных и растений на земле: «… столько существует видов, сколько сначала было создано бессмертным Существом», – говорит он. Из этого вытекала, конечно, неизменяемость видов, признаваемая и раньше, а со времен Линнея сделавшаяся научной аксиомой: «… новые виды не возникают теперь», – стоит у Линнея на первой странице первого издания «Systema naturae».
Но все это были необходимые стадии в развитии науки. Если бы учение о неизменяемости видов не вызвало стремления к детальнейшему их изучению и к точной оценке малейшего отклонения строения, никогда бы не накопилось такого огромного количества точнейших описаний, которое дало возможность говорить о значении и происхождении всех этих видовых признаков; только тогда, когда усердные и добросовестные систематики изучили огромное количество разновидностей в тщетном стремлении вложить их в определенные рамки, только тогда явилась возможность взглянуть на это бесконечное разнообразие форм с другой точки зрения и дать то учение о виде и происхождении видов, которое господствует теперь в науке. В этом отношении весьма знаменательно следующее обстоятельство: в настоящее время самые сильные аргументы в пользу теории развития дают сравнительная анатомия и эмбриология. Отнимите у эмбриологии животных идею об их общем происхождении, и наука эта превратится в хаотическую груду бессмысленных фактов. Между тем Дарвин, основатель теории развития в зоологии, был не анатом и не эмбриолог: он занимался всю жизнь систематической зоологией. Он построил новое здание из того материала, который был заготовлен эпохою Линнея и Кювье. Современная эмбриология выросла уже на его принципах; сильнейшие аргументы явились на поле битвы тогда, когда сражение уже было выиграно.
