Выражение «явиться в суд» говорило тогда гораздо больше, чем говорит оно нам, и значило: быть заключенным в инквизиционной тюрьме, так как во время таких допросов нельзя было оставаться на свободе. Сообщая об этом своему государю, посланник пишет, что он не решился сказать Галилею о предстоящем заключении в тюрьме, чтобы не мучить его заранее мыслью об этом. Узнав, что в составленной папою конгрегации по делу Галилея будут участвовать кардиналы Скалья и Бентавольо, Никколлини просит великого князя написать им собственноручные письма и просить их ходатайствовать за Галилея перед папой, что тот немедленно и исполнил. После этого Никколлини удается узнать имена других восьми кардиналов и высокопоставленных духовных лиц, которые будут присоединены к первым, и он тотчас же пишет к Фердинанду, прося написать письма и этим лицам, чтобы они не обиделись. Эти письма также были написаны.
Наконец, еще через месяц, 9 апреля, кардинал Барберино известил тосканского посланника, что желает его видеть, и при свидании передал ему, что необходимо пригласить Галилея в суд часа на два, но, так как этого времени может оказаться недостаточно для допроса, то возможно, что его придется задержать дольше. Никколлини хорошо понимал истинный смысл этой вежливости и умолял кардинала о дозволении Галилею возвращаться после каждого допроса домой; но тот ни слова не отвечал на эту просьбу.
Во вторник, 12 апреля, Галилей получил требование явиться на суд инквизиции. В тот же день Галилей явился по этому вызову, и уже не возвратился более в дом посланника. Из письма Никколлини видно, что после допроса Галилей просил отпустить его, но это не было ему позволено; он был помещен не в секретных камерах, а в комнатах, принадлежащих квартире фискала священного судилища, причем двери его помещения оставались незапертыми, и он мог прогуливаться по всему дворцу. Но, прибавляет Никколлини, Галилей все-таки считает это жестокостью, а по поводу допроса не говорит ничего; вероятно, это ему запрещено.
Кроме писем Никколлини, имеются и два письма, писанные самим Галилеем из места своего заключения и показывающие, что здесь с ним обращались хорошо. В одном из них он сообщает следующее: «Вследствие просьбы, поданной мною на имя его высокопреосвященства кардинала Барберино, я думаю, что скоро начнут разбирать мое дело под обычным обязательством хранить все это в глубокой тайне, а это требует, чтобы я оставался здесь в уединении, пользуясь, однако же, полною свободою движения и необыкновенными удобствами. Мне даны три комнаты, принадлежащие помещению фискала инквизиционного суда, при свободе и полной возможности прогуливаться по всему протяжению дворца. Что касается моего здоровья, то я чувствую себя хорошо, благодаря Богу, а также хорошему мясу, присылаемому мне из посольства вследствие крайней любезности господина посланника и его супруги, которая с чрезвычайным старанием печется об удовлетворении всех моих нужд, даже с избытком». В другом письме от 23 апреля Галилей пишет: «Пишу к вам на постели; я лежу на ней уже 16 часов, страдая ужасной болью в бедре, которая, я знаю это из частого опыта, скоро должна прекратиться, как это было и в прошлые разы. Комиссар и фискал, мои допросчики, приходили сейчас навестить меня и дали мне слово, что имеют твердое намерение отпустить меня, как только я буду в состоянии вставать с постели, повторив несколько раз, чтоб я не огорчался и был бодр». Насколько можно судить по этим письмам, Галилей мог страдать под кровом инквизиционного судилища лишь только от лишения свободы, обращение же с ним было совершенно мягкое. К сожалению, письма эти непременно проходили через инквизиционную же цензуру, и все подлежавшее хранению в тайне не могло быть допущено в них; равным образом едва ли было бы позволено Галилею описывать и место своего заключения темными красками. Это тем более вероятно, что, по словам Никколлини, Галилей ни слова не говорил о допросе даже доверенному лицу, которое прислано к нему было посланником. Вопрос об обхождении с Галилеем не может быть решен окончательно до тех пор, пока не будут обнародованы все документы, касающиеся этого дела и хранящиеся в инквизиционном архиве. Без этого же нельзя поручиться даже и за то, что эти два письма Галилея не заставили написать.
