Летом 1799 года родители взяли Карла обратно к себе, так как настало уже время учить его. Для учения была приглашена старушка-гувернантка, которая и стала преподавать ему грамоту по старой методе. Но больше, чем от гувернантки, научился мальчик от старших братьев и сестер, расспрашивая их вне уроков о разных буквах и картинах своей азбуки. Через каких-нибудь три недели он мог уже, к немалому своему удивлению, довольно свободно читать, сам не зная хорошенько, как это случилось. Несколько медленнее шло обучение письму; кроме того, преподавались священная история, начала арифметики и кое-что из географии; последняя преподавалась так неумело, что дети не могли ничего из нее усвоить. Вообще гувернантка была годна, по-видимому, лишь для самого первоначального обучения; ее, впрочем, через год и сменили. На ее место вступил учителем некто Штейнгрюбер, кандидат богословия, – выходец из Германии, который приехал в Эстляндию, чтобы выучиться эстонскому языку и добиться здесь места пастора, а пока добывал себе хлеб учительством. Это был очень хорошо образованный и добросовестный человек, с большими педагогическими способностями. Наиболее силён был он в математике.
В течение трех с половиною лет он сообщил детям массу знаний по математике, географии, латинскому и французскому языкам и прочим предметам, притом нисколько не утомляя их; это казалось тем удивительнее, что ученики и ученицы его были разных возрастов и учителю приходилось делить их на группы, приспособляясь к понятиям детей. Особенно развито было у него преподавание математики, так что одиннадцатилетний Карл уже ознакомился с алгеброю, геометрией и тригонометрией и мог преподнести своему отцу собственноручно исполненный геодезический план части их имения. Дети занимались утром от девяти до двенадцати часов и после обеда от двух до четырех или пяти, кроме среды и субботы, которые были свободны; при этом им ничего или почти ничего не задавалось готовить к следующему дню: само приготовление совершалось во время урока; зато и праздников не было, кроме самых больших, как Рождество и Пасха, когда дети на несколько дней освобождались от учения. Внеурочное время дети проводили большей частью на открытом воздухе; зимой они много катались на санях и на коньках, а летом занимались садовыми работами в предоставленном им маленьком саду, где они возводили разные фантастические украшения и сооружения и разводили цветы, плодовые деревья и кустарники. Словом, воспитание поставлено было весьма рационально. Кроме Штейнгрюбера, такую разумную постановку дела в значительной степени следует приписать и отцу Бэра. Это был, судя по данным автобиографии Карла Эрнста Бэра, человек недюжинного ума и прекрасного, доброго сердца. В воспитании он держался, прежде всего, того принципа, что общее образование должно предшествовать специальному и составлять для него основу; затем он был против слишком раннего засаживания детей за учение и против переутомления их. Предоставляя детям полнейшую свободу в выборе карьеры, он, однако же, не упускал случая ставить им на вид, что в будущем они должны рассчитывать исключительно на себя самих. Сам он был человек необыкновенно любознательный и трудолюбивый, обладал солидными юридическими знаниями и среди знавших его пользовался большим уважением и авторитетом. Политические убеждения его были умеренно-либеральные, как впоследствии и убеждения его знаменитого сына.
