Итак, после короткого пребывания в Петербурге, который произвел на него неблагоприятное впечатление, Бэр опять поселился в Кенигсберге, к великой радости его семьи и друзей. Положение его продолжало улучшаться; правительство ассигновало средства на устройство нового здания для зоологического музея, в котором Бэру была отведена квартира; кроме того, в его распоряжение был предоставлен рисовальщик, в котором, при своих исследованиях, Бэр крайне нуждался. Кёнигсбергское Физико-экономическое общество избрало его своим президентом и было вознаграждено за это блестящим оживлением своей деятельности под руководством Бэра. Деятельность этого общества находилась в крайнем упадке, так как читавшиеся в нем рефераты и доклады были доступны лишь немногочисленным членам общества. Бэр энергично провел мысль сделать заседания общества публичными и привлек к участию в докладах и рефератах целый ряд даровитых ученых. Результаты превзошли всякие ожидания: слушателей стало набираться столько, что зал общества едва вмещал их.
В 1831–1832 годах Кенигсберг посетила страшная гостья – холера. Правительство энергично проводило карантинные меры, население же противилось им всеми силами, и дело дошло до кровопролитных столкновений между уличною толпою и войсками. Бэр открыто выступал против карантина и печатал по этой теме статьи в газетах, чем навлек на себя неудовольствие министра Альтенштейна, который был ранее его усердным покровителем.
Научные занятия Бэр продолжал с необыкновенным рвением, исследуя преимущественно историю развития различных животных. Он сидел над микроскопом целыми днями и, в конце концов, сильно расстроил свое крепкое от природы здоровье. «Из прежнего coureur des champs et des bois, – пишет Бэр, – я сделался каким-то раком-отшельником. Так как я жил в здании зоологического музея, где летом происходили обыкновенно мои лекции, то я лишь изредка наведывался в соседний анатомический институт, который был моим вторым жилищем… Однажды я засел у себя в доме, когда на дворе еще лежал снег, и вышел на воздух – к валу, лежавшему в нескольких сотнях шагов от моего дома, – лишь тогда, когда рожь уже вполне колосилась. Этот вид колосящейся ржи так сильно потряс меня, что я бросился на землю и стал горько упрекать себя за свой образ действий. Законы природы будут найдены и без тебя, сказал я себе, – ты ли или другой их откроет, нынче ли, или через несколько лет, – это почти безразлично; но не безрассудно ли жертвовать из-за этого радостью своего существования?» Однако и на следующий год повторилось то же самое.
