(De revolutionibus orbis); это сочинение окончательно укрепило Бруно в его научном мировоззрении. Вместе с тем его дальнейшее пребывание в среде доминиканских монахов становилось с каждым днем все более затруднительным и опасным для него. Едва он вернулся из Кампаньи обратно в монастырь св. Доминика, как против него возникло новое обвинение. В разговоре с доминиканцем Монтальчино, родом из Ломбардии, утверждавшим, что Арий и его ученики были люди невежественные, Бруно позволил себе благоприятный отзыв об этой ереси. Чаша «заблуждений» Бруно переполнилась, и в 1575 году местный начальник ордена возбудил против него преследование по обвинению в ереси. Было перечислено 130 пунктов, по которым брат Джордано отступил от учения католической церкви. К этому присоединилось и прежнее обвинение, что он вынес из кельи иконы и оставил лишь Распятие. Надеясь встретить в Риме у прокуратора ордена более беспристрастное к себе отношение, чем в сфере личных интриг, доносов и недоброжелательств местных монахов, Бруно отправился в Вечный город, и там, в монастыре St. Maria della Minerva, был принят как гость. Вскоре, однако, от его неаполитанских друзей пришло известие, что процессу придали еще худший оборот с тех пор, как в монастыре были найдены принадлежавшие Бруно творения святых Иоанна Златоуста и Иеронима с замечаниями гуманиста Эразма. Очевидно, Джордано тайком читал эти книги и перед своим побегом не успел их уничтожить. Для Бруно стало ясно, что теперь и в Риме он не может рассчитывать на снисхождение. Он быстро сбрасывает с себя монашеское одеяние и на корабле скрывается в Геную.
Существует рассказ, будто Бруно, уходя из Рима, встретил у ворот Вечного города своего товарища по ордену, который пытался его задержать и отправить в тюрьму, но Бруно не только вырвался из его рук, но и самого столкнул с берега в волны Тибра, где тот нашел достойную смерть. Обнародованные в настоящее время акты архива инквизиции не подтверждают справедливости приведенного рассказа. Впрочем, если бы этот эпизод и имел место в действительности, он едва ли бросал бы тень на нравственную личность Бруно, так как в данном случае последний защищал не только свою жизнь, но и свое высокое назначение служить освобождению человеческой мысли. Как бы то ни было, этот поступок Бруно нельзя назвать убийством из мести, как это желали представить его обвинители. Будь это так, инквизиция не преминула бы воспользоваться подобным случаем и занести его на страницы своих обвинений.
