По окончании двухлетнего курса философии Ренан поступил на богословское отделение семинарии Сен-Сюльпис. Здесь основательное изучение древнееврейского языка и Библии привело его, так сказать, к первоисточникам христианских догматов. В юношеские годы, когда большинство увлекается блестящими мечтами и сменой легких впечатлений, он весь отдается науке, как будто ищет в ней спасения от покушений и преследований злобного духа сомнения. Он учится с таким напряжением своих непочатых громадных сил, что его физическая природа не выносит ярма. Рост его преждевременно прекращается, появляются сутуловатость и упорный кашель, но мысль работает без устали. Священные тексты легко укладываются в его памяти.
Богословие преподавалось в семинарии чуть ли не в том же виде, как и шесть веков тому назад. Это было величественное здание, воздвигнутое непреодолимой силой веры в святость древних преданий и напоминающее средневековые храмы с массой всевозможных хитросплетений, тонкостей и крутых подъемов. На вершину такого здания взобраться нелегко. Но трудности не пугают Ренана. Для полного понимания Ветхого и Нового завета в подлинниках необходимо основательное знание древнееврейского языка, и он изучает грамматику у великого ученого Ле-Гира, посещает необязательные специальные курсы по истолкованию наиболее запутанных текстов знаменитого ориенталиста Гарнье, слушает с разрешения наставников во французской коллегии лекции по сирийскому языку у Этьенна Катрмэра. Необходимость подвинуть как можно дальше изучение экзегетики и семитической филологии побуждает его к изучению немецкого языка. Только ознакомившись с Гезениусом, Эвальдом и другими корифеями немецкой науки, впервые он почувствовал веяние новейшего научного гения. Ему казалось, что он вступает в храм, так велико было его благоговение, и не раз ему пришлось пожалеть, что он не родился протестантом, ибо это дало бы ему возможность сделаться философом, не разрывая связи с церковью.
Увлекаясь все более и более наукой, он на время как бы забыл о строгих требованиях католицизма и о великом долге священника – верить в святость своей проповеди. До последних дней пребывания в семинарии он был уверен в своем призвании, и эту глубокую уверенность разделяли с ним его наставники. «Вступайте в наше братство, – сказал заведовавший семинарией Карбон, – здесь ваше место». Он же заставил Ренана принять 150 франков на покупку необходимых книг. Этот чрезвычайно добродушный и хороший священник, конечно, не подозревал, чему послужит наука в руках его скромного на вид, благочестивого, трудолюбивого и кроткого питомца. Очевидно, почтенные духовные отцы Сен-Сюльпис смотрели на него как на своего собрата. Ренан отвечал полной взаимностью на это дружеское расположение, и после многолетней ожесточенной борьбы с воспитавшей его церковью он говорит о своих наставниках с непритворной любовью и уважением. Некоторых из них, как например Готтофрэ и Ле-Гира, он прямо называет «святыми» и удивляется, как мог последний, при своей громадной учености, не видеть явного противоречия между текстами Священного писания и догматами католицизма и сохранить во всей неприкосновенности свою глубокую веру. Вообще, необходимо заметить, что Ренан обладал удивительным даром любить даже своих врагов по убеждениям и наносить ужасные удары без малейшего признака гнева, а скорее с глубоким сожалением к заблуждениям людей, с которыми он был вынужден бороться. А час неизбежной борьбы и разрыва приближался. Религиозное настроение Ренана за эти последние годы пребывания в семинарии Сен-Сюльпис нисколько не изменилось, но каждый день тем не менее разбивал одно из звеньев тяжелой цепи, привязывавшей его к церкви. Однако чрезмерная работа долго не давала ему времени на всестороннюю оценку ее результатов. Он шел безостановочно вперед, как человек, преследуемый ужасными видениями, пока не почувствовал наконец, что сбился с настоящего пути. И Ренан опять обратился за утешением к своему духовнику, который, как некогда Госселен, постарался еще раз успокоить его чуткую совесть. «Искушения против веры! Не обращайте на них внимания, – убеждал он, – идите все вперед». Для большей убедительности он сослался на письмо св. Франциска де Саль, в котором тот признает искушения в вере неизбежным горем и злом. «Не надо только им поддаваться. Кому не приходилось их испытывать! Надо призвать на помощь все свое терпение, и даже когда дух-искуситель станет стучаться в нашу дверь, не надо откликаться и спрашивать: кто там?»
