Кроме этой научной поездки в Париж, Пирогов во время своего профессорства в Дерпте каждые каникулы предпринимал хирургические экскурсии в Ригу, Ревель, а также и в другие города балтийского края. Один из его приятелей называл эти экскурсии по множеству проливавшейся в них крови Чингисхановыминашествиями. Мысль об этих хирургических набегах возникла у Пирогова в 1837 году, когда слава о нем стала распространяться по Лифляндии и соседним губерниям, и в клинику не только стали являться больные из ближнего соседства, а начали поступать просьбы о принятии больных в хирургическую клинику из разных городов. Маленькая дерптская клиника (22 кровати) не могла, разумеется, удовлетворить предъявляемым требованиям. Ввиду такого увеличивающегося спроса на хирургическую помощь Пирогов и стал производить свои “Чингисхановы нашествия”, беря с собою нескольких ассистентов. По инициативе местных врачей в маленьких городах пасторы соседних деревень объявляли в церквах всенародно о прибытии дерптского хирурга. К нему стекались все слепые, хромые, страдающие наростами – одним словом, разнообразнейшие хирургические больные. Пирогов и его ассистенты оказывали каждому всю возможную оперативную помощь.
Пирогов занимал профессуру в Дерпте в течение пяти лет, с 1836 по 1841 год. За этот период Пирогов издал 2 тома клинических анналов (1837–1839), свою “Хирургическую анатомию артериальных стволов и фасций”, сразу завоевавшую ему имя в науке, и монографию о перерезке ахиллесова сухожилия. Клинические анналы, о характере и цели которых мы уже говорили выше, свидетельствуют живо о том, как содержательны, остроумны и блестящи были лекции Пирогова.
Хирургическая анатомия артериальных стволов и фасций представляет собой атлас рисунков, литографированных с препаратов, специально сделанных Пироговым, с латинским и немецким текстом. Позднее были выпущены русские издания этого классического труда, частью самим Пироговым, частью другими хирургами (издания Шимановского, Коломнина).
Наконец, монография его о перерезке ахиллесова сухожилия имеет своим предметом процесс заживления перерезанного сухожилия. Монография эта представляет собой образец того, как Пирогов ставил работы по экспериментальной хирургии, и доказывает, какие прекрасные результаты, какие важные и поучительные выводы могут давать такие работы. Пирогов посвятил также много времени и труда экспериментальному решению вопроса относительно радикального излечения грыж. Результаты этих опытов изложены им в его клинических анналах на страницах, посвященных лечению грыж. Вообще, при решении многих вопросов клиники Пирогов обращался к вивисекции. Он требовал всегда такую массу животных, что в самом Дерпте не хватало уже кошек, собак и кроликов, и его ассистенты часто принуждены были объезжать соседние деревни для покупки этих животных.
