Замечательно, что лет через 15 после этого барон Корф высказал мнение, которого он совсем не держался, когда стоял во главе управления Академией. Он назвал канцелярию “ярмом для Академии”, а Шумахера – “неученым сочленом и канцелярским деспотом”.
С воцарением Елизаветы Петровны наступило тревожное время для Шумахера. Тогда Академия была без президента: Бреверн, заместитель барона Корфа, вышел в отставку. Вражда русских к иноземцам стала проявляться явно. Академия, в которой все места, кроме самых незначительных, были заняты немцами, не могла пользоваться сочувствием и со стороны правительственных сфер. Сообразительный Шумахер все это отлично понимал и пустил в ход всю свою ловкость и пронырливость, чтобы подыскать “важное лицо в президенты, из-за спины которого деспотическому советнику удобно было бы по-прежнему самовластно распоряжаться ученым обществом”. Эти хлопоты в самом разгаре своем были прерваны донесением Делиля, а потом Нартова, в Сенат.
Сущность донесения вышепоименованного астронома та же, что и его приветственной речи барону Корфу, о которой мы уже говорили. Токарь же Петра Великого, Андрей Константинович Нартов, состоявший при Академии в звании советника, в своей жалобе писал об обидах, учиненных ему Шумахером. Токарь считал себя членом Академии, а советник канцелярии в изданном им описании под заглавием “Палаты Академии” имени Нартова в числе академиков не поместил. Все донесение этого чиновного токаря было написано весьма нетолково. Проступки, в которых он обвинял Шумахера, были изложены неопределенно и никак не доказывались; кроме того, в обвинениях Нартова бросалось в глаза его оскорбленное самолюбие. Вероятнее всего, что и это донесение осталось бы без последствий, если бы петровский токарь в июле того же 1742 года не поехал сам в Москву к государыне, захватив с собою донесение на Шумахера трех академических служителей: комиссара Камера, канцеляриста Грекова и копииста Носова. В это же время студенты Пухорт, Шишкарев и Коврин, ученик гравера Поляков и переводчики Горлицкий и Попов послали также свое прошение к императрице.
Все эти лица утверждали, что Шумахер присвоил себе несколько десятков тысяч рублей из академических сумм, что он враг русского народа и что, наконец, всячески, и притом умышленно, старается свести на нет намерения Петра Великого, изложенные в проекте Академии наук.
Поездка Нартова в Москву увенчалась полным торжеством: 30 сентября императрица Елизавета подписала указ о создании следственной комиссии. Председателем ее был назначен адмирал граф Н.Ф. Головкин, а сама комиссия состояла из двух членов: коменданта С.-Петербурга генерал-лейтенанта Игнатьева и президента коммерц-коллегии князя Бориса Юсупова. Вышепоименованный указ императрицы был получен в Петербурге только 7 октября, и в этот же день Шумахер, контролер Гофман, книгопродавец Прейсер и канцелярист Паули были арестованы “со всеми их имениями”. Тогда же все академические дела были поручены Нартову.
