После прихода к власти в Германии нацистов началось быстрое, пока еще по-прежнему тайное строительство новых Люфтваффе. Гауптман Фишер не мог остаться в стороне от этого процесса, и 1 апреля 1933 г. он был назначен офицером аэрофоторазведки в штаб 3-йдивизии. Затем 1 февраля 1934 г. его перевели на службу в Люфтваффе и назначили начальником отдела аэрофотографии в рейхсминистерстве авиации.
1 августа 1934 г. Фишер получил звание майора и спустя ровно два месяца возглавил только созданную в Хильдесхайме школу аэрофотосъемки (Flieger-Bildschule). Занимая эту должность, он разработал методику подготовки дешифровщиков аэрофотоснимков. Их работа была крайне важной, ведь мало просто получить снимок какого-то района, надо еще уметь грамотно «прочитать» его. В итоге к началу Второй мировой войны благодаря стараниям Фишера немецкие дешифровщики были гораздо лучше обучены, чем аналогичные специалисты в других странах. При этом более 60 % их были всего лишь унтер-офицерами.
Фишер пробыл на посту начальника школы аэрофотосъемки более двух с половиной лет, получив тем временем 1 октября 1936 г. звание оберст-лейтенанта. Затем 1 марта 1937 г. его назначили командиром Aufkl. Gr. 124,[7] базировавшейся на аэродроме Ротвестен, в нескольких километрах северо-восточнее г. Кассель, и одновременно комендантом этого же аэродрома.
1 января 1939 г. Фишеру присвоили звание оберста и направили на командные курсы в академию Люфтваффе, располагавшуюся в юго-западном берлинском пригороде Гатов. После их окончания он стал начальником офицерских курсов при той же академии.
1 февраля 1940 г. оберет Фишер снова вернулся на должности начальника школы аэрофотосъемки в Хильдесхайме и коменданта одноименного аэродрома. 1 июня 1942 г. он получил звание генерал-майора. Фишер руководил подготовкой дешифровщиков аэрофотоснимков до 11 декабря 1944 г. и за это время написал множество руководств и учебных пособий по дешифровке.
Однако надо отметить, что командование Люфтваффе, а вместе с ним и Фишер считали обработку полученных аэрофотоснимков в общем-то простой, механической работой. При этом основной упор делался на ее скорость, что было и понятно, т. к. в условиях блицкрига быстрота обработки полученных снимков имела решающее значение для общего успеха. Немецких дешифровщиков учили лишь «читать», а не анализировать аэрофотоснимки. При этом для ускорения получения данных они нередко работали непосредственно с негативами.
