Штрооп тем временем бросил свои главные силы на прочесывание южной части гетто — района заводов Шульца и Теббенса. Небольшие штурмовые отряды по 36 солдат разыскивали и в случае сопротивления взрывали убежища евреев. Некоторые подземелья гитлеровцы залили водой. Каждую штурмовую группу сопровождали пять сотрудников полиции безопасности, хорошо знавших гетто. В течение дня было схвачено свыше 5000 человек.
Многие евреи искали спасения в подземной канализации. Спускавшихся на звук голосов немцев и еврейских полицейских встречали выстрелами. Когда гитлеровцы закупорили канализационные трубы, чтобы затопить подземелье, евреи сломали поставленные перемычки. Штрооп распорядился пустить под землю газ. Через несколько дней спустившиеся в канализацию эсэсовцы обнаружили там множество трупов, уносимых водой.
Главный штаб ЖОБ все еще пытался координировать действия боевых групп и поддерживать связь с антифашистами на «арийской стороне». По ночам боевики ЖОБ, обмотав тряпками ноги, чтобы не создавать шума, вновь занимали кварталы, которые немцы считали уже очищенными, поджигали немецкие склады и предприятия, присматривали укрытия для населения, распределяли продовольствие. «Дел было по горло, — вспоминает член штаба ЖОБ Цивия Любеткин. — Надо было раздать жиденький суп. Разведчики, патрульные и боевые группы получали задания. Несколько раз мы обнаруживали еще действующий телефон, тогда мы пытались установить связь с товарищами вне гетто. В покинутых бункерах искали продукты».
Положение повстанцев быстро ухудшалось. 21 апреля, передав на «арийскую сторону» о решимости драться до последнего, штаб ЖОБ сообщал, что боеприпасы на исходе. «Револьверов можете не присылать», — передавало 22 апреля командование ЖОБ своим представителям на «арийской стороне». «Оружие ближнего боя не имеет для нас значения, — писал Мордехай Анелевич на «арийскую сторону" на пятый день восстания. — Мы редко используем его. Зато нам крайне нужны гранаты, карабины, пулеметы, взрывчатка".
В пятницу 23-го немцы сняли все телефонные точки в гетто. Повстанцы пытались было ставить свои собственные аппараты, но убедились, что связь была отключена совсем. Группа бойцов ЖОБ во главе с Натаном Шульцем выбралась в этот день из гетто, чтобы взорвать резиденцию Брандта на улице Желязной, но по дороге была остановлена и перебита. На умшлагплаце гитлеровцы расстреляли членов президиума юденрата во главе с Мареком Лихтенбаумом. Их трупы выкинули на свалку. Через несколько дней та же участь постигла остатки еврейской полиции.
