Когда на морском горизонте появилась эскадра шведов, монастырь мужественно встретил захватчиков. Обеспокоенный за судьбу Русского Севера, Иван Грозный послал на Соловки пушки, огнестрельное оружие, порох, наказал создать особое стрелецкое войско и во главе его поставил московского воеводу.
После смерти Грозного по указу Федора Иоанновича началось возведение из дикого камня стен и башен Соловецкого кремля. Днем и светлыми северными ночами сотни подвод подтаскивали глыбы дикого камня в триста - четыреста пудов весом. Под тяжелый скрип деревянных подвесов, под гудение цепей эти глыбы укладывались одна на другую, скреплялись известковым раствором, замешанным на яичном белке, дополнялись в швах кирпичной кладкой. Самые большие камни укладывались под основание, выше шли валуны поменьше. На верху стен, с внутренней стороны, устраивались деревянные крытые галереи, откуда через бойницы защитники могли обстреливать неприятеля.
...Мы с Мишаней долго ходили вдоль древних стен. Ветры и время оставили на камне свои отметины. Но было немало следов, полученных от неприятельского огня, от снарядов и пуль иноземцев - литовцев, шведов, англичан. Монастырь посылал деньги русским воеводам, которые сражались с войсками Лжедмитрия. В Соловецком монастыре схоронили сподвижника Минина и Пожарского Авраамия Палицына. Не стерлась надпись на его могиле: "В смутное время междуцарствия, когда России угрожало иноземное владычество, ты мужественно ополчился за свободу отечества и явил беспримерный подвиг... Незабвенна память твоя в сердцах благородных сынов отечества, тобою освобожденного с Мининым и Пожарским".
В 1694 году Соловецкие острова посетил Петр I. Он пожаловал на монастырское строение 745 рублей 25 копеек. Царь уже тогда, в начале своего правления, внимательно присматривался к крепости. В планах будущей войны со шведами она могла стать надежным подспорьем тыла.
В августе 1702 года Петр прибыл сюда с эскадрой кораблей и четырьмя тысячами солдат Преображенского и Семеновского полков. Он долго, как и в первый раз, осматривал укрепления, лазал на башни, проверял артиллерию, спускался в подвалы оружейных складов.
Ночуя на корабле, Петр ежедневно съезжал на берег, знакомился с хозяйством, читал документы богатого монастырского архива, рассматривал старые военные карты. Им уже крепко владела мысль ударить по шведам со стороны Заонежья, откуда они никак не могли ожидать нападения.
В Соловках Петр распорядился начать постройку еще одной церкви, в честь Андрея Первозванного - покровителя русского флота. Эта церковь стоит и поныне. Потом он отпустил корабли в Архангельск, а сам на двух яхтах - "Святой дух" и "Курьер" поплыл в юго-западном направлении и встал у большой поморской деревни Нюхча. Отсюда в глубокой тайне он начал строить "государеву дорогу".
