Шихуанди немедленно приступил к проведению целого ряда важнейших реформ. Исполненный решимости избежать раздробленности, которая привела к уничтожению династии Чжоу, он принял решение ликвидировать всю феодальную систему государства. Территория, которой он управлял, была преобразована в тридцать шесть провинций, каждая из которых управлялась гражданским губернатором, назначаемым императором. Щихуанди издал указ, по которому должность губернатора провинции перестала быть наследственной. И фактически была введена в жизнь практика перевода губернаторов из одной провинции в другую после нескольких лет службы. Тем самым достигалась возможность избежать такого положения, когда губернатор получал в этой провинции сильную власть. В каждую провинцию императором назначался военный руководитель, который освобождался от должности по его усмотрению, а также центральной властью назначался специальный чиновник, который сохранял баланс между гражданским и военным губернаторами. Была создана прекрасная система коммуникаций, связывавшая столицу с провинциями, которая позволяла быстро осуществлять переброску войск в любую провинцию, охваченную восстанием. Шихуанди издал также декрет о том, что представители старой аристократии переводились в Сяньян, столицу его государства, где он мог осуществлять контроль над ними.
Однако Шихуанди не довольствовался только политическим и военным единством Китая, он добивался, чтобы страна превратилась в единый торговый организм. Он установил единую систему мер и весов по всей стране, стандартизировал монетную систему, различные инструменты, длину оси повозок и осуществлял контроль над строительством дорог и каналов. Он также установил единую систему законов во всем Китае и упорядочил письменные языки. Самый известный акт императора (и, наверное, самый бесславный) связан с декретом 213 года до н. э., когда он приказал сжечь все книги в Китае. Исключение составляли работы по специальным проблемам, таким как сельское хозяйство и медицина, а также книги с документами по истории династии Цинь и философские работы писателей Школы законников. Однако работы, относящиеся к другим философским школам, включая доктрины Конфуция, подлежали уничтожению.
Посредством этого драконовского декрета, который, вероятно, являлся первым примером массовой цензуры за всю историю, Шихуанди надеялся покончить с влиянием враждебной ему философии, в частности, со школой Конфуция. Однако он издал приказ, чтобы копии запрещенных книг хранились в столице в императорской библиотеке.
