Военное управление подверглось также преобразованиям. Уже в начале царствования уничтожены были военные поселения, сокращение срока солдатской службы с 25 до 15 лет, отменены унизительные телесные наказания, обращено особое внимание на поднятие уровня общего образования офицеров армии посредством реформ военных учебных заведений. Далее, вследствие замеченных недостатков в устройстве военного управления, происходивших от излишней его централизации, в 1862 г. было дано военному министерству высочайшее повеление подвергнуть систему военного управления коренному пересмотру, чтобы усилить управление по местам расположения войск. В результате этого пересмотра явилось высочайше утверждённое 6 августа 1864 г. Положение о военно-окружных управлениях. На основании этого Положения устроено первоначально девять военных округов, а затем (6 августа 1865 г.) ещё четыре. В каждом округе поставлен, назначаемый по непосредственному высочайшему усмотрению, главный начальник, носящий название командующего войсками такого-то военного округа. Эта должность может быть возложена и на местного генерал-губернатора. В некоторых округах назначается ещё помощник командующего войсками.
Другою существенною мерой для преобразования нашего военного устройства послужил изданный 1 января 1874 г. Устав о воинской повинности, по которому всё мужское население империи, без различия состояний, подлежит воинской повинности, причём эта повинность состоит в пребывании в течение шести лет в строю, девяти лет в отчислении и до сорокалетнего возраста в ополчении. Нужно ещё иметь в виду, что в 1867 г. в армии был введён также гласный суд, судебная власть распределяется между полковыми судами, окружными судами и главным военным судом (в Петербурге). Состав судов, исключая полковые, предполагалось пополнять офицерами, оканчивающими курс в Военно-юридической академии.
Народное образование также обратило на себя внимание государя. Особенно важное значение имело в этом отношении издание нового и общего устава российских университетов 18 июня 1863 г., в выработке которого, по инициативе министра народного просвещения А. В. Головнина, участвовала особая комиссия при главном правлении училищ, составленная преимущественно из профессоров Петербургского университета. По этому уставу, каждый университет, под главным начальством министра народного просвещения, вверен попечителю учебного округа, которому поручен правительственный контроль в пределах, уставом определённых, за самостоятельными распоряжениями университета. Каждый университет состоит из определённого числа факультетов. Управление учебною частью вверено факультетам и совету университета. Каждый факультет составляет самостоятельное факультетское собрание из ординарных и экстраординарных профессоров под председательством декана, избираемого ими на три года. Совет составляется из всех ординарных и экстраординарных профессоров под председательством ректора, избираемого советом на четыре года и утверждаемого в звании высочайшим приказом. Ректору вверено и ближайшее управление университетом. Для разбирательства проступков студентов учреждён университетский суд из трёх судей, ежегодно избираемых советом из профессоров. Кроме того, увеличивается содержание профессоров, число кафедр и средства университета.
