Зная о намеченных сроках визита Станюковича в Манилу, Литке решил еще раз посетить Каролинские острова, куда пришел 7 декабря «для отыскания островов, которые мы прошлой зимой не успели увидеть». Здесь «Сенявин» провел более месяца, описывая многочисленные острова с моря, высаживаясь на наиболее интересные с точки зрения природных особенностей. На этом выполнение научной программы Литке закончилось и он направился на Филлипины на соединение с «Моллером».
Возвращение «Сенявина» практически повторяло плавание «Камчатки», в котором Литке принимал участие двадцатилетним мичманом и теперь он мог взглянуть на мир с высоты капитанского мостика повзрослевшим капитан-лейтенантом. Из Манилы оба корабля вышли 18 января 1829 года, причем в Зондском проливе между Явой и Суматрой «Моллер» на короткое время оказался на мели, не показанной на карте. Снявшись с нее, он в сопровождении «Сенявина» продолжил свой путь на родину, посетив по пути Кейптаун, в то время как «Сенявин» продолжил свой путь к острову Св. Елены, где 24 апреля шлюпы опять встретились. Их дальнейшее совместное плавание проходило через остров Файял (Азорские острова) и порт Гавр (Франция), после которого пути кораблей разошлись снова: «Сенявин» посетил Лондон для поверки научных приборов, а «Моллер» направился в Копенгаген. Не дождавшись там Литке, командир «Моллера» взял курс на Кронштадт, куда благополучно прибыл 23 августа 1829 года. Литке на «Сенявине» закончил плавание двумя сутками позже. В 1834–1838 годах он издал описание своего кругосветного плавания пятью отдельными частями, включая результаты научных наблюдений и «Отделение мореходное с Атласом». В отличие от Литке, Станюкович не оставил описания своего плавания, и, таким образом, в научном отношении оно было в значительной мере обесценено.
С возвращением к родным берегам «Сенявина», казалось, опытного и полного сил моряка ожидала блестящая морская карьера, но случилось иначе. По своему оценив достоинства Литке и отдавая должное его заслугам, император Николай I назначил его командиром отряда кораблей, отправлявшихся в учебное плавание в Северную Атлантику с выпускниками первого выпуска Офицерских классов и старшим курсом гардемарин Морского корпуса. Чтобы приучить будущих моряков парусного флота к плаванию в самых сложных условиях, была выбрана акватория в районе Исландского барического минимума, с его непрерывными штормами и частой сменой погоды. Для тренировки личного состава и отработки командных навыков условий лучше было не придумать, но результаты похода поначалу вызвали неудовольствие августейшей особы: среди экипажей возникла эпидемия брюшного тифа, а заход в Брест (Франция) не удался по причине Июльской революции 1830 года – ни в том, ни в другом, разумеется, вины командира отряда не было, но именно командир во все времена отвечает за все неудачи…
