В итоге астрономией занялась инквизиция, которая пришла, основываясь на некоторых текстах писания, к двум важным выводам: "Первое суждение, что Солнце является центром и не вращается вокруг Земли, глупо, абсурдно, ложно с точки зрения теологии и еретично, потому что явно противоречит Священному писанию… Второе суждение, что Земля не является центром, а вращается вокруг Солнца, абсурдно, ложно с точки зрения философии; с теологической же точки зрения оно противоположно истинной вере".
По указанию папы все книги, содержавшие учение о движении Земли, были занесены в "Индекс запрещенных книг", и тогда же впервые был осужден труд Коперника. Галилей удалился во Флоренцию, где какое-то время жил тихо и избегал столкновений со своими торжествовавшими победу врагами.
Он, однако, был оптимистом и всегда был готов обратить острие своего разума против глупости, В 1623 году его друг кардинал Барберини стал папой, титулованным Урбаном VIII, и Галилей воспрянул духом; однако чувство безопасности, как показали дальнейшие события, было обманчивым. Он принялся за работу над книгой "Диалоги о двух главнейших системах мира", закончил ее в 1630 и опубликовал в 1632 году. В ней содержится едва слышная оговорка, что вопрос о двух "величайших системах", Птолемея и Коперника, остается нерешенным; но в действительности в книге проводится убедительное доказательство истинности коперниканской системы. Это была блестящая работа, и ее жадно читали в Европе.
Но если научный мир рукоплескал, то церковники были в ярости. Пока Галилей молчал, его враги занимались тем, что усиливали свою позицию аргументами, оспаривать которые было бы неблагоразумно. Считалось, что учение Галилея несовместимо с реальным присутствием (Real Presence).[8] Отец-иезуит Мельхиор Инкофер утверждал, что "мнение о движении Земли изо всех ересей самая отвратительная, самая пагубная, самая возмутительная; неподвижность Земли трижды священна; скорее можно стерпеть аргументы против бессмертия души, существования бога и воплощения, чем аргумент, доказывающий, что Земля движется". Этими громкими криками "ату его!" теологи будоражили друг другу кровь, и вскоре все они были готовы затравить старого человека, ослабленного болезнью и начавшего слепнуть.
Галилей был еще раз вызван в Рим инквизицией, которая чувствовала, что ее надули, и была настроена гораздо более непримиримо, чем в 1616 году. Сначала он заявил, что слишком болен, чтобы выдержать путешествие из Флоренции; поэтому папа пригрозил, что пришлет своего врача, чтобы тот обследовал состояние здоровья обвиняемого: если обнаружится, что болезнь Галилея не смертельна, то он будет доставлен в кандалах. Это вынудило Галилея предпринять путешествие, не ожидая вердикта медицинского посланника своего врага — ибо Урбан VIII был теперь его злейшим врагом. Когда Галилей прибыл, инквизиция бросила его в тюрьму и пригрозила пытками, если он не покается. Инквизиция, "взывая к святейшему имени нашего господа Иисуса-Христа и его славнейшей деве матери Марии", постановила, что Галилей не понесет наказания, следуемого за ересь, при условии, что он "с открытым сердцем и подлинной верой отречется, проклянет и отвратится от названных ошибок и ересей". Тем не менее, даже после покаяния и отречения, "мы осудим тебя на официальное заключение в тюрьме этого святого учреждения на период, который мы сами соблаговолим определить; и в качестве целебной епитимьи мы приказываем тебе в течение следующих трех лет произносить раз в неделю семь покаянных псалмов".
