Считается, что понятие «структура органов местного самоуправления» неоднозначно. Возможно его узкое и широкое толкование. Согласно узкому толкованию структура органов местного самоуправления – это система имеющих самостоятельный статус органов, которые на данной территории осуществляют функции и полномочия местного самоуправления. В широком смысле слова понятие структура органов местного самоуправления включает также внутренние подразделения представительного органа (например, наличие постоянных комиссий) и исполнительного органа (например, отделы, управления, службы в местной администрации). Предметом вопроса о структуре органов местного самоуправления является прежде всего система органов, имеющих самостоятельный статус, и соотношение их полномочий и ответственности. Согласно такой научной позиции и исходя из Конституции РФ нет оснований ограничиваться узким толкованием понятия структура органов местного самоуправления. Поэтому структура органов местного самоуправления и в узком, и в широком смысле является предметом местного ведения.
Примерно такого же мнения о данных понятиях придерживаются и некоторые другие ученые. Поэтому из рассуждений можно сделать однозначный вывод: понятия «система» и «структура» органов местного самоуправления аналогичны, причем понятие «система» более узкое и входит в понятие «структура», имеющее узкий и широкий смысл.
Согласно Конституции РФ структура органов местного самоуправления определяется населением самостоятельно в уставах муниципальных образований. Обсуждению не подлежит лишь судьба обязательных органов местного самоуправления: представительных, исполнительных органов и главы муниципального образования. Перспектива создания всех иных муниципальных органов определяется в конкретной самоуправляющейся единице.
Закон «Об общих принципах организации местного самоуправления в Российской Федерации» впервые подробным образом фиксирует процедуру определения структуры местных органов при образовании на межселенных территориях нового муниципального образования или в случаях его преобразования. Структура определяется населением на местном референдуме, сходе граждан (на территориях с численностью жителей менее 100 человек) либо представительным органом местного самоуправления. Тот или иной вариант решения такого вопроса отражается в муниципальном уставе.
При отсутствии инициативы граждан структура органов местного самоуправления определяется представительным органом, после его избрания.
