Монастырь был закрыт в 1923 г. и его территорию изуродовали рядом чужеродных построек. В 1979–1995 гг. Казанский храм восстановили в первоначальном виде. В 1992 г. по благословению патриарха Алексия II состоялось второе освящение монастыря.
Часовня над местом погребения св. Феодора Томского (17)
ул. Крылова, 12/1.
В Богородице-Алексиевском монастыре, к северо-западу от храма Казанской Божьей Матери. 23 января 1864 г. в храме состоялось отпевание старца Феодора Кузьмича. Могила старца сразу стала местом паломничества. В 1904 г. на средства его почитателей над могилой построили часовню по проекту арх. В.Ф. Оржешко.
После закрытия монастыря часовню разобрали (1936). Долгое время ее местонахождение скрывалось под слоем обломков и земли. После канонизации старца в 1984 г. его могилу расчистили. В 1991 г., во время «Томского хода» организации и частные лица собрали деньги для восстановления часовни. В июле 1995 г., по благословению владыки Тихона, обретены мощи старца и помещены в Казанский храм. В 1997–1998 гг. часовня-памятник Св. Феодора восстановлена по первоначальному проекту на прежних фундаментах.
Феодор Томский (Федор Кузьмич)
4 сентября 1836 г. в Красноуфимском уезде Пермской губернии был задержан ехавший на телеге неизвестный человек, который на допросе в земском суде назвался Федором Кузьмичом, 70 лет, неграмотным и не помнящим своего происхождения. По решению уездного красноуфимского суда наказан 20 ударами плетей и под конвоем отправлен в Сибирь. 26 марта старец прибыл в село Зерцалы, где его определили на казенный каторжный краснореченский винокуренный завод в 15 верстах от Зерцал. Здесь он прожил 5 лет, но не работал ни на каких принудительных работах.
Теперь уже не узнать, когда и как возникла легенда о том, что старец-отшельник Федор Кузьмич (? -1864) – не кто иной, как император Александр I, отрекшийся от престола и ушедший в Сибирь отмаливать грех отцеубийства.
В 1837 г. цесаревич Александр Николаевич, путешествовавший по Сибири, встречался с Федором Кузьмичом и долго с ним беседовал. В 1842 г. казак Семен Сидоров, заметив у старца желание удалиться от мира, построил возле своего дома в станице Белоярская небольшую избушку и уговорил Федора Кузьмича переселиться к нему. В Белоярской старец прожил недолго, так как якобы был опознан казаком, служившим в Питере. После Белоярской Федор Кузьмич поселился в келье в Зерцалах. В 1858 г. он переселился в Томск к купцу С.Ф. Хромову по его настоятельной просьбе. Здесь Федор Кузьмич жил то в городе, то на заимке в 6 км от Томска, в специально сделанных для него домиках-кельях, где его посещали люди. Ходит много легенд о том, что Федор Кузьмич обладал даром предвидения и предсказания. Скончался 20 января 1864 г., похоронен в Богородице-Алексеевском мужском монастыре Томска.
