К началу XVIII в. русские границы отодвинулись далеко на юг и восток Сибири, и Томская крепость утратила военное значение. Стержнем городской жизни стал Сибирский, или Московско-Иркутский тракт, связавший центр страны с сибирской окраиной. Томск превратился в место транзитной торговли. Развивалось ремесленное производство, хотя часть горожан продолжала заниматься земледелием и скотоводством. Город довольно быстро рос. Доминирующую роль в томском обществе приобрели купцы. Другую значительную группу населения составляли мещане и цеховые. В XVIII в. в Томске, как и других крупных российских городах, были введены элементы городского самоуправления, хотя полномочия царских чиновников по-прежнему распространялись на все сферы городской жизни. С церковной деятельностью связаны первые ростки культуры в городе: первая библиотека появилась в Алексиевском мужском монастыре (основан в 1653), там же открылась (1746) первая школа.
В 1804 г. Томск стал центром обширной Томской губернии, в сферу его административного и управленческого воздействия входила вся Западная Сибирь, а в ряде случаев и Казахстан (горное, учебное, транспортное и др. управления). В XIX – нач. XX в. наблюдался стремительный рост населения города, в 1897 г. Томск стал самым многонаселенным в Сибири (52 тыс. чел.), а по данным 1914 г., входил в число 22 самых крупных городов Российской империи.
Торговля по-прежнему играла ведущую роль в экономике Томска. Недаром его иногда называли «сибирской Москвой», торговой столицей края. В торговле формировались крупные капиталы томских купцов. Во 2-й пол. XIX в. усилился приток капиталов в промышленность, в городе сложился комплекс предприятий, ориентированных в основном на переработку сельскохозяйственного сырья. Томск развивался как транспортный узел региона, появились новые средства связи – телеграф и телефон, формировалось банковское дело, в 1901 г. открылась первая в Сибири товарная биржа. Именно тогда в городе выстроили множество красивых домов для жилья, административных и торговых нужд.
С открытием в кон. XIX – нач. XX в. первых в азиатской части страны высших учебных заведений – университета, технологического института и высших женских курсов город превратился в культурно-образовательный центр всей Сибири, в город интеллектуальный, оппозиционно настроенный по отношению к правящей власти. В предоктябрьское десятилетие он стал одним из центров либерализма и сибирского областничества, возглавляемого Григорием Потаниным. Вместе с тем в общественных настроениях горожан появилось стремление к отстаиванию своих прав и интересов в борьбе.
